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2019년 11월 교육 자료
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2019년 11월 교육 자료
$ head –n 40000 BL21-20x_1.fastq > small_1.fastq 또는 $ awk 'NR == 1, NR == 40000 BL21-20x_1.fastq > small_1.fastq
$ awk 'BEGIN{OFS="\n"} $2~/^1:/{header = $0; getline seq; getline qheader; getline qseq; print header, seq, qheader, qseq}' interleaved.fastq > file_1.fastq $ awk 'BEGIN{OFS="\n"} $2~/^2:/{header = $0; getline seq; getline qheader; getline qseq; print header, seq, qheader, qseq}' interleaved.fastq > file_2.fastq 또는 $ sed -n '/1:N/{N;N;N;p;}' interleaved.fastq > file_1.fastq $ sed -n '/2:N/{N;N;N;p;}' interleaved.fastq > file_2.fastq
$ awk 'NR%4 == 1 {a=substr($0,2)} NR%4 == 2 {print ">" a "\n" $0}' file.fastq > single_line.fasta
$ awk 'NR%2 == 1 {id=substr($0,2)} NR%2 == 0 {print id, " ", length($1)}' single_line.fa | sort –k 2 –nr
$ awk '/^>/ {OUT=substr($0,2) ".fa"}; {print >> OUT; close(OUT)}' multi_sequences.fasta
$ sed –n '1~4{s/^@/>/p};2~4p file.fastq > file.fa