bioinfo:consed_28_in_2024
2024년에 다시 만나는 Consed 28
consed_linux.tar.gz에 포함된 5개의 바이너리 중 Ubuntu 22.04 LTS에서 작동하는 것은 일부이다.
$ ./consed_linux32bit -v Version 28.0 (141216) $ ./consed_linux32bit_dyn -v ./consed_linux32bit_dyn: error while loading shared libraries: libXt.so.6: cannot open shared object file: No such file or directory $ ./consed_rhel4linux64bit -v ./consed_rhel4linux64bit: error while loading shared libraries: libstdc++.so.5: cannot open shared object file: No such file or directory $ ./consed_rhel4linux64bit_static -v Version 28.0 (141216) ./consed_rhel6linux64bit -v ./consed_rhel6linux64bit: error while loading shared libraries: libpng12.so.0: cannot open shared object file: No such file or directory
기왕이면 최신 버전의 consed가 작동하도록 환경을 조성하는 것이 좋을 것이다. libpng12-0을 다음과 같이 하여 설치하면 consed_rhel6linux64bit를 실행하는데 문제가 없을 것이다.
./ $ sudo add-apt-repository ppa:linuxuprising/libpng12 $ sudo apt update $ sudo apt install libpng12-0 $ ./consed_rhel6linux64bit -v Version 28.0 (141216)
installConsed.perl 스크립트를 이용하여 consed를 설치한다. 컴파일 과정에서 경고 메시지가 조금 나오지만 문제는 없다.
$ ./installConsed.perl consed_rhel6linux64bit /usr/local/genome ... Success! (I think.) You probably would want to put into your PATH the following: /usr/local/genome/bin so you can just type "consed" to bring up consed Now refer to README.txt and follow the rest of the installation instructions in the section INSTALLING CONSED
phred, phrap 및 이들 패키지에 따로 포함된 실행파일(실제로는 make해야 함)은 /usr/local/genome/bin/에 복사해 둔다. 이어서 다음과 같이 실행하면 아주 친숙한 consed의 실행 화면을 만나게 될 것이다.
$ PATH=/usr/local/genome/bin:$PATH $ cd /usr/local/genome/examples/standard/edit_dir $ consed
bioinfo/consed_28_in_2024.txt · Last modified: 2024/03/13 09:26 by hyjeong