Genome Informatics Laboratory at KRIBB

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====== 2024년에 다시 만나는 Consed 28  ======
consed_linux.tar.gz에 포함된 5개의 바이너리 중 Ubuntu 22.04 LTS에서 작동하는 것은 일부이다.

  $ ./consed_linux32bit -v
  Version 28.0 (141216)
  $ ./consed_linux32bit_dyn -v
  ./consed_linux32bit_dyn: error while loading shared libraries: libXt.so.6: cannot open shared object file: No such file or directory
  $ ./consed_rhel4linux64bit -v
  ./consed_rhel4linux64bit: error while loading shared libraries: libstdc++.so.5: cannot open shared object file: 
  No such file or directory
  $ ./consed_rhel4linux64bit_static -v
  Version 28.0 (141216)
  ./consed_rhel6linux64bit -v
  ./consed_rhel6linux64bit: error while loading shared libraries: libpng12.so.0: cannot open shared object file: No such file or directory

기왕이면 최신 버전의 consed가 작동하도록 환경을 조성하는 것이 좋을 것이다. libpng12-0을 다음과 같이 하여 설치하면 consed_rhel6linux64bit를 실행하는데 문제가 없을 것이다.
  ./
  $ sudo add-apt-repository ppa:linuxuprising/libpng12
  $ sudo apt update
  $ sudo apt install libpng12-0
  $ ./consed_rhel6linux64bit -v
  Version 28.0 (141216)

installConsed.perl 스크립트를 이용하여 consed를 설치한다. 컴파일 과정에서 경고 메시지가 조금 나오지만 문제는 없다.

  $ ./installConsed.perl consed_rhel6linux64bit /usr/local/genome
  ...
  Success!  (I think.)
  You probably would want to put into your PATH the following:
  /usr/local/genome/bin
  so you can just type "consed" to bring up consed
  Now refer to README.txt and 
  follow the rest of the installation instructions
  in the section INSTALLING CONSED

phred, phrap 및 이들 패키지에 따로 포함된 실행파일(실제로는 make해야 함)은 /usr/local/genome/bin/에 복사해 둔다. 이어서 다음과 같이 실행하면 아주 친숙한 consed의 실행 화면을 만나게 될 것이다.

  $ PATH=/usr/local/genome/bin:$PATH
  $ cd /usr/local/genome/examples/standard/edit_dir
  $ consed

{{ :bioinfo:consed_28_screenshot.png?400 |}}