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- Genome project
- Linux
2019년 11월 교육 자료
- 실습용 스크립트 구글 문서라서 접속 환경에 따라 열리지 않을 수도 있습니다.
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server_installation
Table of Contents
Server installation
(본 페이지는 단순히 참고를 위한 것임; 이미 실습용 서버에는 세팅이 완료되어 있으므로 수강생 여러분께서는 이를 실행할 필요가 없습니다)
H/W and OS info
- KT cloud, 8 core, memory 64 GB, 600 GB(/DATA)
- Ubuntu 12.04.5 LTS “Precise Pangolin”
프로그램 설치
apt-get 동작이 원활하지 않아서 repository(/etc/apt/sources.list)를 전부 ftp.daum.net으로 바꾸었다.
apt-get으로 설치한 것
- firefox
- evince
- emboss
- gnuplot-x11
- build-essential
- zlib1g-dev
- default-jre
- git
- csh
- ncbi-blast+
- gedit
- xterm
- gv(evince로 postscript 파일을 여는 것이 원활하지 않아서 gv 설치)
- gpicview (eog로 png 파일을 여는 것이 원활하지 않아서 gpicview 설치)
수동 설치
패키지를 직접 다운로드하여 설치한 것들은 /usr/local/Bio에 각각 별도의 디렉토리로 존재함
- a5_miseq_linux_20140604 link
- artemis link
- bowtie2-2.2.6 link (최신 버전은 2.2.7)
- FastQC link
- MUMmer3.23 link
- seqtk link
- ssaha2_v2.5.5_x86_64 link
- velvet_1.2.10 link (make 'MAXKMERLEGNTH=127')
- BioPerl 설치 방법 참조
- /usr/local/Bio/bin에는 기타 파일들이 위치함
$ ls /usr/local/Bio/bin/ fastaSplit.pl gc_skew.pl getinsertsize.py n50.pl run-mummer4.sh sff_extract SolexaQA++
실습용 데이터 디렉토리 구성
- /DATA/day_2/00_example_data에 각 파트별로 데이터가 존재함
- /DATA/day_2/01_results에 실행 결과물이 있음
server_installation.txt · Last modified: 2021/03/17 13:09 (external edit)
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