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nanpore_sequencing

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Nanopore sequencing

정해영의 nanopore sequencing FAQ list

숙제: 앞으로 답을 달아 나가야 한다.

MinION Mk1C

  • 네트워크가 도대체 잡히지 않는다. 어떻게 해야 될까?
  • High Accuracy Basecall로 설정을 하고 48 시간 시퀀싱을 하도록 명령하였다. 만약 '10 Gb estimated' 상태라면, 시퀀싱 종료 후 얼마나 기다려야 basecall이 끝날까?

일반적인 궁금증

  • Demultiplexing은 하지만 barcode trimming을 하지 않은 read를 조립 등 후속 분석을 할 때 문제가 될까?
  • flye assembler v2.9에 따르면, '--nano-hq mode for ONT Guppy5+ (SUP mode) and Q20 reads (3-5% error rate)'라 하였다. MinKNOW v21.10.4(Guppy v5.0.17, 2022년 1월 10일 현재 최신판)에서 FAST mode로 basecall하여 얻은 read에 대해서 이를 적용할 수 있을까? 혹은 여전히 '--nano-raw' 옵션을 써야 하는가?
nanpore_sequencing.1641801418.txt.gz · Last modified: 2022/01/10 16:56 by hyjeong