Genome Informatics Laboratory at KRIBB

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====== Nanopore sequencing ======

  * https://community.nanoporetech.com/support/articles/how-do-i-enable-the-wifi-hotspot-on-the-mk1c
  * [[https://community.nanoporetech.com/technical_documents/minknow-tech-doc/v/mitd_5000_v1_revad_16may2016/local-basecalling|[Nanopore community] Local basecalling]]
  * [[https://nanoporetech.com/events/nanopore-sequencing-101-online-event-qa|[Nanopore community] Nanopore sequencing 101 Q&As]]


===== 정해영의 nanopore sequencing FAQ list =====
숙제: 앞으로 답을 달아 나가야 한다.

==== MinION Mk1C ====
  - 네트워크가 도대체 잡히지 않는다. 어떻게 해야 될까?
  - Wi-Fi hotspot 설정만 잘 되면, 노트북 컴퓨터를 이용하여 무선으로 Mk1C 내에 ssh 진입이 가능한 것일까?
  - High Accuracy Basecall로 설정을 하고 48 시간 시퀀싱을 하도록 명령하였다. 만약 '10 Gb estimated' 상태라면, 시퀀싱 종료 후 얼마나 기다려야 basecall이 끝날까?

==== MinKNOW + CPU basecalling (FAST) ====
  - GPU가 장착된 다른 컴퓨터에서 guppy를 실행할 수 있을 것으로 기대하고 MinKNOW 구동 중에 시퀀싱 및 basecalling을 전부 중단해 버렸다. 어디에 있는 파일을 가져다가 guppy를 돌려야 하는가? 

==== 일반적인 궁금증 ====
  - Demultiplexing을 적용하되 barcode trimming을 하지 않은 read를 조립 등 후속 분석을 할 때 문제가 될까?
  - flye assembler v2.9에 따르면, '%%--%%nano-hq mode for ONT Guppy5+ (SUP mode) and Q20 reads (3-5% error rate)'라 하였다. MinKNOW v21.10.4(Guppy v5.0.17, 2022년 1월 10일 현재 최신판)에서 FAST mode로 basecall하여 얻은 read에 대해서 이를 적용할 수 있을까? 혹은 여전히 '%%--%%nano-raw' 옵션을 써야 하는가?
  - minimap2를 이용하여 nanopore long read를 reference에 매핑하는 가장 적합한 파라미터는 무엇인가?

무슨 GPU 카드를 써야 guppy가 잘 실행될지 고민이라면 다음의 정보를 읽어보라. {{ :gpu-musings_irselim_gpu-musings_github.pdf |GPU musings (with an eye on genomics) PDF file - 2022년 1월 25일에 파일로 전환}} [[https://github.com/sirselim/GPU-musings/blob/main/gpu_musings.md|website]]