fastq_파일의_qc
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Fastq 파일의 QC
Java runtime 설치 여부의 확인(리눅스)
$ java -version java version "1.6.0_38" OpenJDK Runtime Environment (IcedTea6 1.13.10) (6b38-1.13.10-0ubuntu0.12.04.1) OpenJDK 64-Bit Server VM (build 23.25-b01, mixed mode) $
기본 사용법
$ /usr/local/Bio/FastQC/fastqc (GUI mode; Xming을 미리 실행해야 함) $ /usr/local/Bio/FastQC/fastqc BL21-20x_1.fastq BL21-20x_2.fastq [file_3 file_4...] $ firefox firefox BL21-20x_1_fastqc.html (Xming을 미리 실행해야 함) * 윈도에서는 run_fastq.bat를 실행하여 GUI 모드로 작업 권장
참고사항
- PRINSEQ 서버(local installation 가능)를 이용하여 포맷 전환, 필터링 및 트리밍 등의 기능도 활용할 수 있음
- 이외에도 Trimmomatic, Cutadapt, SolexaQA++ 등의 다양햔 QC/전처리 소프트웨어가 공개되어 있음. Software for pre-processing Illumina next-generation sequencing short read sequences(Code for Biology and Medicine 2014, 9:8) 참고.
fastq_파일의_qc.1455580611.txt.gz · Last modified: (external edit)