VSEARCH

이 위키 페이지를 만든 것은 2025년, 그러나 오래전인 2018년 내 블로그에 Usearch 맛보기라는 글을 쓴 일이 있었다. VSEARCH는 Robert Edgar의 유명한 Usearch의 기능을 갖도록 만든(그리고 더 빠른?) 공개 소프트웨어이다.

Dereplication

옵션을 빼먹으면 나중에 귀찮아진다.

$ vsearch --derep_fulllength Korea_plus_Delta.trimmed --uc cluster --output derep.fa --sizeout
vsearch v2.21.1_linu  x_x86_64, 125.7GB RAM, 32 cores
https://github.com/tognes/vsearch

Dereplicating file Korea_plus_Delta.trimmed 100%  
339644176 nt in 11552 seqs, min 29097, max 29796, avg 29401
Sorting 100%
8530 unique sequences, avg cluster 1.4, median 1, max 205
Writing FASTA output file 100% 
Writing uc file, first part 100% 
Writing uc file, second part 100%

Cluster 정보 파일은 USEARCH의 UC 출력 파일과 같은 정보를 수록하고 있다.