bioinfo:snp_distance의_계산
SNP distance의 계산
Snippy와 prokka 등 유용한 생명정보분석용 프로그램을 개발한 Torsten Seemann은 FASTA alignment에서 SNP distance matrix를 계산하는 유틸리티인 snp-dists를 제공하기도 하였다.
$ snp-dists core.aln This is snp-dists 0.6.3 Read 5 sequences of length 31421 snp-dists 0.6.3 Af650 Aichi2011 Ehime2011 Fukuoka2010 Ibaraki2007 Af650 0 7173 9704 4638 4640 Aichi2011 7173 0 11339 7107 7109 Ehime2011 9704 11339 0 9966 9968 Fukuoka2010 4638 7107 9966 0 2 Ibaraki2007 4640 7109 9968 2 0
bioinfo/snp_distance의_계산.txt · Last modified: 2023/06/21 15:47 by hyjeong