박테리오파지는 세균의 생존과 진화 과정에 매우 중요한 영향을 미치는 요소이다. 세균의 염색체에 삽입된 박테리오파지의 유전체, 즉 prophage는 주변부의 유전자 발현에 영향을 미치거나 병원성 인자 혹은 항생제 내성 유전자의 전파에도 관여한다. ProphET(GitHub)는 phage genome database의 자체적인 업데이트 기능을 포함하는 standalone 형태의 prophage 예측 도구이다. 2019년도에 출간된 ProphET 논문에 의하면 Prophinder, PHAST, PHASTER 및 PhiSpy 등의 기존 소프트웨어보다 더 정확하다고 한다.

ProphET의 입력물로는 염기서열 FASTA 파일과 GFF 파일이 필요하다. 염기서열의 ID는 두 파일에서 당연히 일치해야 한다. 예측된 prophage의 위치는 OUTDIR/prophages_coords 파일에 저장된다.

$ ProphET_standalone.pl --fasta test.fasta --gff_in test.gff --outdir test

간혹 GFF 파일이 표준 사양에 맞지 않아 에러가 발생하면, GFFLib의 gff_rewrite.pl을 사용하여 수정해야 한다.

$ GFFLib/gff_rewrite --input <GFF input> -output <GFF output> --add_missing_features

Phaster 서버에 GenBank 양식의 파일을 업로드하면 더욱 간편하게 prophage sequence를 탐색할 수 있다.