MUMmer는 suffix tree algorithm을 이용하여 genome sequence 수준의 alignment를 생성하는 도구이다. 발표된지는 매우 오래되었으나 매우 완성도가 높아서 여전히 많은 프로그램에서 활용되고 있다. MUMmer는 alignment를 시각화하는 도구는 탑재하고 있지 않으므로 gnuplot에 의존한다.

1. Aligning two finished sequences (highly similar with/without rearrangements, fairly similar/dissimilar sequences)
2. Aligning two draft sequences
3. Mapping a draft sequence to a finished sequence
4. SNP detection
5. Identifying repeats

부속 프로그램이 매우 많으므로 PATH 환경변수에 설정해 둔다.

$ export PATH=$PATH:/usr/local/Bio/MUMmer3.23

MUMmer의 input과 output.