많은 어려움을 뚫고서 2016년 초여름에 MetAMOS를 설치하여 어느 상태로는 돌아가게 만드는데 성공하였다. 그러나 인쇄한 매뉴얼이 너덜너덜해지도록 줄을 치고 메모해가면서 정독하고 테스트를 하였지만 아직 완벽한 상태는 아니다. 만 1년이 되기 전에 사용법을 완전히 익히고 어느 리눅스 서버에든 쉽게 재설치를 할 수 있도록 다시 한 번 종합적인 테스트를 실시한다.

MetAMOS의 샘플 데이터는 160 kb의 작은 유전체를 지닌 bacterial endosymbiont “Candidatus Carsonella ruddii PV”의 50x read를 사용하는 것으로 되어있다. fasta 및 fastq 파일과 reference(complete)가 전부 존재한다.

8000000 bp / 100000 seqs; 80.0 average length -- carsonella_pe_filt.fna
8000000 bp / 100000 seqs; 80.0 average length -- carsonella_pe_filt.fq
159662 bp / 1 seqs; 159662.0 average length -- carsonella_reference.fna

실행 위치는 전부 path/to/metAMOS-1.53rc/Test 디렉토리이다.

interleaved fasta file의 사례이다.

../initPipeline -f -m carsonella_pe_filt.fna -d test1  -i 500:3500

-f STRING(force this step)과 -n STRING(step to skip)을 지정하지 않으면 MultiAlign, FunctionalAnnotation, FindRepeats, FindScaffoldORFS 단계를 생략한다. 실제로 사용된 명령어 라인은 output_directory/Logs/COMMANDS.log를 열어보면 그대로 나온다.

MetAMOS 설치 뒤 가장 먼저 실행하는 run_pipeline_test.sh 스크립트는 FindScaffoldORFs 스텝에서 에러가 발생한다.

#/bin/sh
../initPipeline -f -m carsonella_pe_filt.fna -d test1  -i 500:3500
../runPipeline -a soap -c kraken -g fraggenescan -p 15 -d test1 -k 55 -f Assemble,MapReads,FindORFS,Annotate,FunctionalAnnotation,Propagate,Classify,Abundance,FindScaffoldORFS -n FunctionalAnnotation

FindScaffoldORFs 스텝이 이 스크립트에서는 반드시 실시하는 것으로 되어있지만 실제로는 필수가 아니다. 매뉴얼을 살펴보면 이 단게의 목적은 “Find ORFs in scaffolds, mainly serves as an extra validation step after Scaffold”라 설명하였다. 이 에러를 피하려면 다음의 두 가지 방법이 있다.

1. FindScaffoldORFs를 생략한다. runPipeline에서 -f 이하 목록에서 이를 제거한다. 필수 스텝이 아니므로
2. FindScaffoldORFs를 그대로 실행하되 기본 프로그램인 FragGeneScan을 MetaGeneMark로 바꾼다(-g metagenemark)