많은 어려움을 뚫고서 2016년 초여름에 MetAMOS를 설치하여 어느 상태로는 돌아가게 만드는데 성공하였다. 그러나 인쇄한 매뉴얼이 너덜너덜해지도록 줄을 치고 메모해가면서 정독하고 테스트를 하였지만 아직 완벽한 상태는 아니다. 만 1년이 되기 전에 사용법을 완전히 익히고 어느 리눅스 서버에든 쉽게 재설치를 할 수 있도록 다시 한 번 종합적인 테스트를 실시한다.

MetAMOS의 샘플 데이터는 160 kb의 작은 유전체를 지닌 bacterial endosymbiont “Candidatus Carsonella ruddii PV”의 50x read를 사용하는 것으로 되어있다. fasta 및 fastq 파일과 reference(complete)가 전부 존재한다.

1. ————–

8000000 bp / 100000 seqs; 80.0 average length – carsonella_pe_filt.fna

8000000 bp / 100000 seqs; 80.0 average length -- carsonella_pe_filt.fq
159662 bp / 1 seqs; 159662.0 average length -- carsonella_reference.fna
---------------

실행 위치는 전부 path/to/metAMOS-1.53rc/Test 디렉토리이다.

interleaved fasta file의 사례이다.

../initPipeline -f -m carsonella_pe_filt.fna -d test1  -i 500:3500