MetaWRAP—a flexible pipeline for genome-resolved metagenomic data analysis 논문 GitHub

• 설치 환경: ryzen-5950x server(32 threads, 128G memory)
• 설치 방법 설명 문서
• 설치 시작일: 2022년 7월 76일

mamba로 metaWRAP dependency를 설치하는 막바지 단계에서 QUAST가 요구하는 몇 개의 것을 수동으로 설치해야 한다.

The default QUAST package does not include:
* GRIDSS (needed for structural variants detection)
* SILVA 16S rRNA database (needed for reference genome detection in metagenomic datasets)
* BUSCO tools and databases (needed for searching BUSCO genes) -- works in Linux only!

To be able to use those, please run
  quast-download-gridss
  quast-download-silva
  quast-download-busco

마지막 명령어 세 줄을 실행하면서 에러를 만나게 될 것이다. 해결 방안은 잘 알고 있지? 대부분 SSL 인증서와 관련한 파일 다운로드 문제이다. metawrap-env를 나가서 개별 파일을 받는 것이 오히려 더 성공적일 때도 있다.

• https://github.com/bxlab/metaWRAP/blob/master/installation/database_installation.md

tube server의 /data/Utilities/DB와 ryzen 서버의 /data/DB에 metaWRAP용 DB를 같이 설치하여 두도록 한다.

KRAKEN 2 GitHub repository에서 반드시 최신 버전의 소스를 다운로드한다. 그러나 다음 명령어를 실행하면 rsync_from_ncbi.pl: unexpected FTP path (new server?) 오류가 뜰 것이다.

kraken2-build --standard --threads 24 --db MY_KRAKEN2_DB

Kraken2 wiki의 FAQ에도 나올 정도로 유명한 문제이지만 여기에 나온대로 하면 해결이 되지 않았다. 다음의 두 사이트를 참고하여 관련 스크립트를 수정하니 겨우 유전체 파일 다운로드가 잘 되었다.

• https://icode.best/i/86413643858934 중국어 사이트
• https://bytemeta.vip/repo/DerrickWood/kraken2/issues/525 맨 아래 aeu79의 글을 따라서 하여라.

Community-led, integrated, reproducible multi-omics with anvi’o 논문 공식 웹사이트

nf-core/mag