MetaWRAP—a flexible pipeline for genome-resolved metagenomic data analysis 논문 GitHub

• 설치 환경: ryzen-5950x server(32 threads, 128G memory)
• 설치 방법 설명 문서
• 설치 시작일: 2022년 7월 76일

mamba로 metaWRAP dependency를 설치하는 막바지 단계에서 QUAST가 요구하는 몇 개의 것을 수동으로 설치해야 한다.

The default QUAST package does not include:
* GRIDSS (needed for structural variants detection)
* SILVA 16S rRNA database (needed for reference genome detection in metagenomic datasets)
* BUSCO tools and databases (needed for searching BUSCO genes) -- works in Linux only!

To be able to use those, please run
  quast-download-gridss
  quast-download-silva
  quast-download-busco

마지막 명령어 세 줄을 실행하면서 에러를 만나게 될 것이다. 해결 방안은 잘 알고 있지?

• https://github.com/bxlab/metaWRAP/blob/master/installation/database_installation.md

Community-led, integrated, reproducible multi-omics with anvi’o 논문 공식 웹사이트

nf-core/mag