일단 Zakour의 다음 자료를 정독하라. detectection_of_recombinational_events_in_bacterial_genomes.pdf

Xabier Didelot는 microevolution 과정에서 recombination이 중요함을 인식하고 이를 검출하는 ClonalFrame이라는 프로그램을 개발하였다(논문 웹사이트 ). 발표 당시에는 multilocus sequence data에 국한되었지만 현재는 박테리아 유전체에도 적용 가능한 ClonalFrameML(GitHub)도 개발되었다. 고전적인 논문 Rapid pneumococcal evolution in response to clinical interventions (Science 2011, PubMed)를 읽어보면 박테리아의 유전체에서 벌어지는 homologous recombination이 얼마나 중요한지를 알 수 있다. 그러나 모든 미생물 종에서 같은 정도로 recombination이 일어나는 것은 아님에 유의하자.

이 페이지에서는 Gubbins(Genealogies Unbiased By recomBinations in Nucleotide Sequences, 논문 웹사이트)을 이용하여 미생물 유전체로부터 recombination이 일어난 곳을 찾아내고 이를 시각화하는 방법을 알아본다.