de_novo_assembly
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Table of Contents
De novo assembly
1. Velvet
(optional) Interleaved file의 준비
$ /usr/local/Bio/velvet_1.2.10/contrib/shuffleSequences_fasta/shuffleSequences_fastq.pl BL21-20x_1.fastq BL21-20x_2.fastq BL21-paired.fastq
- 최근에는 -separate 옵션이 추가되어서 2개의 paired file을 그대로 공급해도 됨
- velvetg 또는 velveth를 실행하여 MAXKMERLENGTH를 확인
[1] Velvet의 직접 실행(velveth -> velvetg)
$ /usr/local/Bio/velvet_1.2.10/velveth velvet_out 53 -shortPaired -fastq BL21-paired.fastq 또는 $ /usr/local/Bio/velvet_1.2.10/velveth velvet_out 53 -shortPaired -fastq -separate BL21-20x_1.fastq BL21-20x_2.fastq $ /usr/local/Bio/velvet_1.2.10/velvetg velvet_out -cov_cutoff auto -exp_cov auto $ /usr/local/Bio/bin/n50.pl contigs.fa (결과의 확인)
[2] Velvetoptimiser를 이용한 최적화 실행
2. A5-miseq (ngopt)
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