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Custom kraken DB test
설치 방법
Custom Kraken DB를 만들려면 taxonomy 정보가 포함된 서열 자료(fasta files)와 NCBI taxonomy 파일이 필요하다. 다음의 사례는 standard Kraken DB의 구축 사례이다. Standard library란, NCBI에서 제공하는 bacteria 및 virus의 유전체 서열을 이용한 것이다. 이들 파일에는 서열 ID에 gi 번호가 있어서 taxonomy와 연결되는 키 역할을 한다. 단, 이제는 NCBI에서 bacteria 유전체 서열 전부를 압축한 all.fna.tar.gz를 더 이상 업데이트하지 않고 있으며 보관 위치도 변경되었다. 따라서 Kraken package의 download_genomic_library.sh를 다음과 같이 일부 수정해야 한다.
(수정 전) wget $FTP_SERVER/genomes/Bacteria/all.fna.tar.gz (수정 후) wget $FTP_SERVER/genomes/archive/old_refseq/Bacteria/all.fna.tar.gz
Bacteria/all.fna.tar.gz는 5242개의 complete sequence로서 복수의 염색체가 존재하는 경우 별도의 .fna 파일로 분리된 상태이다. kraken-build –standard라고 실행을 하면 fasta file과 taxonomy 파일의 다운로드부터 이루어진다.
$ mkdir kraken-custom $ PATH=/home/test/metAMOS-1.5rc3/Utilities/cpp/Linux-x86_64/jellyfish/bin:$PATH $ cd kraken/bin $ ./kraken-build --standard --threads 24 --db /home/test/metAMOS-1.5rc3/Utilities/DB/kraken-custom $ cd /home/test/metAMOS-1.5rc3/Utilities/DB $ ln -s kraken-custom kraken
Kraken 실행 방법
$ kraken --db $DBNAME sequences.fa > sequences.kraken $ kraken-translate --db $DBNAME sequences.kraken > sequences.labels
결과
사용한 read file
3520.notrim.pe.fq - 3119470042 bp / 30885842 seqs; 101.0 average length
Custom kraken DB를 사용한 결과
30885842 sequences (3119.47 Mbp) processed in 601.197s (3082.4 Kseq/m, 311.33 Mbp/m). 1063743 sequences classified (3.44%) 29822099 sequences unclassified (96.56%)
MiniKraken DB를 사용한 결과
30885842 sequences (3119.47 Mbp) processed in 559.800s (3310.4 Kseq/m, 334.35 Mbp/m). 501601 sequences classified (1.62%) 30384241 sequences unclassified (98.38%)
custom DB를 사용한 것이 더 나은 read coverage를 보였다. 최소한 kraken DB 자체에는 문제가 없다는 뜻이다. 그런데 왜 metAMOS test script에서는 제대로 작동을 하지 않는 것일까?