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CMG-biotools 기능 실습

개요

VirtualBox 환경에서 CMG-biotools 가상머신을 켠 후 바탕화면에서 마우스 오른쪽 버튼을 클릭하여('Open Terminal Here') 터미널창을 띄운 뒤 다음에 소개하는 명령어를 입력하여 실습을 진행한다. CMG-biotools의 명령어(스크립트)들은 /usr/biotools에 있으니 필요하다면 다른 리눅스 시스템에 복사하여 사용해도 된다.

GenBanke에서 파일 받기

$ gbk_get -a CP001509 > file.gbk

GenBank file에서 organism name 추출하기

$ gbk_ExtractName file.gbk (organism name을 파일명으로 하는 새로운 GenBank file 생성)

GenBank file에서 염기서열 출력하기

$ saco_convert –I genbank –O fasta file.gbk > file.fa

GenBank file에서 유전자(nt)/아미노산 서열 출력하기

$ gbk_ExtractGeneProt file.gbk (.fna, .fsa 생성)

Prodigal을 이용한 유전자 예측하기

$ prodigalrunner file.fa (.gff, .gbk, .fna, .fsa 생성)

Genome 기본 특성 구하기(크기, %GC 등의 정보를 화면으로 출력)

$ stats_genomeDNA file.fa

Genome atlast 그리기

$ atlas_createConfig –ref file.gbk
$ atlas –f file.gbk –c file.gbk.atlas.cf –o file.gbk.atlas.ps
$ evince file.gbk.atlas.ps

rRNA gene 찾기

$ rnamer –S bac –m ssu –f file.rrna file.fa (ssu for 5/8S, lsu 23/28S)

5종의 대장균 유전체 서열을 이용한 BLAST atlas 그리기(가상머신에서는 장시간 소요)

$ gbk_get -a NC_000913 > K-12.gbk
$ gbk_get -a CP001509 > BL21_DE3.gbk
$ gbk_get -a NC_002695 > O157_H7.gbk
$ gbk_get -a NC_011750 > IAI39.gbk
$ gbk_get NC_017634 > O83_H1
$ fox x in *gbk
> do
> gbk_ExtractGeneProt $x
> done
$ atlas_createConfig -ref K-12.gbk (K-12를 reference로 설정)
$ atlas_addBlastlane -f K-12.gbk.fsa -c K-12.gbk.atlas.cf -col 000090 -name K-12 (.cf 파일에 blast lane 추가)
$ atlas_addBlastlane -f BL21_DE3.fsa -c K-12.gbk.atlas.cf -col 009000 -name BL21_DE3
$ atlas_addBlastlane -f IAI38.gbk.fsa -c K-12.gbk.atlas.cf -col 900000 -name IAI38
$ atlas_addBlastlane -f O157_H7.gbk.fsa -c K-12.gbk.atlas.cf -col 000050 -name O157_H7
$ atlas_addBlastlane -f O83_H1.gbk.fsa -c K-12.gbk.atlas.cf -col 005000 -name O83_H1
$ atlas -f K-12.gbk -c K-12.gbk.atlas.cf -o K-12.gbk.blastatlas.ps
$ evince K-12.gbk.blastatlas.ps

Genome Informatics Laboratory at KRIBB

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