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bioinfo:itol에서_annotated_tree_만들기

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iTOL에서 annotated tree 만들기

iTOL(Interactive Tree Of Life)는 트리라는 기본 데이터 위에 다른 분석 자료를 얹어서 시각화할 수 있는 웹 도구이다. 사용자 등록을 하면 데이터의 관리 및 공유가 가능하며, 논문으로 투고용으로 그대로 쓸 수 있는 고해상도 이미지 파일을 제공한다. 사용법에 대한 상세한 설명은 Help 페이지비디오 튜토리얼을 숙독하기 바란다. 2020년 10월부터 무료 구독자에 대한 지원이 크게 줄어든 것은 매우 아쉬운 점으로 남는다.

iTOL에서 가장 핵심이 되는 자료는 트리이며, annotation을 위해 추가되는 데이터셋은 leaf name을 key로 하여 연결된다. 따라서 트리 파일에서는 긴 taxon name보다는 accession 번호 등을 사용하고, 추후에 label annotation(template)을 적용하는 것이 훨씬 바람직하다.

트리 자료의 준비

Heatmap 자료의 표현

BSR matrix의 heatmap 표현

앞에서 설명한 ANI 매트릭스는 column/raw의 이름이 iTOL 트리 자료의 leaf name 그대로이고 대각선에 대하여 대칭 구조이므로 원하는 자료만을 선별하거나 이름을 바꾸는 것 정도의 조작만 가하면 된다. 그러나 BSR 매트릭스는 각 유전체에 대한 BSR 값이 컬럼 단위로 위치하므로 이를 트랜스포즈해야 iTOL의 데이터셋 파일로 쓸 수 있게 된다. R에서 이를 실제로 어떻게 처리하는지 다음의 코드를 통해 알아보도록 한다.

bioinfo/itol에서_annotated_tree_만들기.1691739894.txt.gz · Last modified: by hyjeong