앞에서 설명한 ANI 매트릭스는 column/raw의 이름이 iTOL 트리 자료의 leaf name 그대로이고 대각선에 대하여 대칭 구조이므로 원하는 자료만을 선별하거나 이름을 바꾸는 것 정도의 조작만 가하면 된다. 그러나 BSR 매트릭스는 각 유전체에 대한 BSR 값이 컬럼 단위로 위치하므로 이를 트랜스포즈해야 iTOL의 데이터셋 파일로 쓸 수 있게 된다. R에서 이를 실제로 어떻게 처리하는지 다음의 코드를 통해 알아보도록 한다.