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BioSample submission to K-BDS
이 문서에서는 미생물(microbe) 샘플 다수를 한꺼번에 K-BDS의 BioSample에 등록하는 방법에 대해서 기술하고자 한다. 따라서 2024년 고도화 버전의 공개 이후 약간을 달라진 등록 웹사이트에서 정보를 하나씩 입력하는 방법이 아니라 엑셀 template file을 다운로드한 뒤 필요한 컬럼을 채워나가는 방법을 쓰는 것이 좋다. K-BDS 웹사이트의 support → 자료실 → [자료] 2023년도 바이오 연구데이터 표준등록양식가 가장 중요한 정보이다.
BioSample의 특성(attribute)는 총 74가지나 된다! 그러나 좌절할 것은 없다. 필수(M, mandatory) 입력항목 위주로 값을 채워 넣으면 되기 때문이다. 생물군(human, model organism or animal, invertebrate, plant, microbe, virus, clinical or host-associated pathogen, environmental/food/other pathogen, metagenome or environmental)에 따라서 필수 항목이 다름에 유의해야 한다.
다음으로 중요한 것은 그룹(G) 필수 입력 항목이다. 동일 그룹에 속하는 항목은 그 중에서 어느 하나는 반드시 채워 넣어야 한다.
필수 필드에 적절한 값을 채워넣기 어렵다면 missing value reporting라는 문자열을 넣는다. INSDC에서는 이에 대한 세부적인 사항도 기술하고 있다(링크). 이에 따르면 not applicable과 missing의 탑 레벨로 나눌 수 있고, missing은 다시 not collected, not provided, restricted access로 구분할 수 있다.