Conda는 패키지 관리자의 일종이며 Anaconda는 python, R로 만들어진 과학 컴퓨팅 분야의 패키지 모음을 제공하는 배포판이다. Anaconda 설치 파일은 이곳에서 각자의 시스템에 맞는 것을 골라서 사용하기 바란다. 라이선스와 가격 정책은 각자 알아보시길!

Conda에서 말하는 환경(environment)이란 특정 애플리케이션과 이를 실행하는 데 필요한 다른 프로그램(보통 dependency라고 부름)을 한데 설치하여 필요한 때에만 활성화시켜 사용하게 만든 것을 말한다. 시스템에 어떤 conda environment가 설치되어 있는지, 그리고 특정 conda environment에 설치된 패키지가 무엇인지 확인하려면 다음과 같이 입력하라.

$ conda info --envs
conda environments:
#
base                  *  /opt/anaconda2
antismash                /opt/anaconda2/envs/antismash
artemis                  /opt/anaconda2/envs/artemis
gcc_49                   /opt/anaconda2/envs/gcc_49 
..
$ conda list  # 현재 활성화된 환경에 설치된 패키지 목록
$ conda list pomoxis

Channel이란 conda가 패키지를 찾는 외부 경로를 의미한다. 저장소라는 의미로 이해해도 좋다. Bioconda는 수많은 생명정보학 소프트웨어 패키지를 모아 놓은 채널에 해당한다.

설치용량을 최소한도로 유지하고 싶다면 무료 minimal installer인 Miniconda를 사용할 것을 추천한다. Anaconda와 Miniconda가 어떻게 다른지 궁금하다면 Downloading conda 웹문서를 참고하자.

Anaconda 또는 Miniconda를 설치하고 초기 설정하는 방법은 다음의 내부 문서를 참고하라.

• 실습용 서버에 프로그램 설치하기 - 'mgGlobOS 0.11(1911)의 기본 환경 및 Anaconda3 설치하기' 섹션
• KRIBBuntu-focal_2205 distro 제작 및 재설치 과정 - 'Miniconda 및 실습용 프로그램 설치' 섹션

Conda를 대체하기 위해 등장한 mamba package manager가 요즘은 꽤 쓸만하다.

[정해영의 블로그] 맘바(mamba)는 무엇인가? - Metagenome binning 관련 도구를 설치하다가 만난 새로운 세계