이전 단원에서 소개한 pan-genome은 미생물의 종 내, 즉 intra-species level(inter-strain)에서 정의되는 개념이므로, 종 경계를 넘어서는 생명체의 유전체를 서로 비교하여 공통적으로 존재하는 유전자를 찾아내려면 다른 방법을 사용해야 한다. OrthoMCL은 Markov clustering을 이용하여 종간의 상동유전자를 클러스터링하는 매우 고전적인 도구이다. 이보다는 더욱 진일보한 소프트웨어인 OrthoFinder를 사용할 것을 권장한다.

대용량 분석에는 Proteinortho를 검토해 봄직하나, 이것 역시 legacy software가 되었다.