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Application of PacBio long-reads sequencing technology (software)
이 페이지는 Oxford Nanopore Technologies(ONT)의 sequencing 응용도 포함할 수 있도록 개편되어야 한다. 즉, long read, single molecule 기반의 염기서열 해독을 전부 망라하도록 한다.
읽을 자료
- (리뷰 논문) PacBio sequencing and its application (2015) 링크
- PacBio Analytical software - SMRT analysis includes SMRT portal, SMRT analysis APIs, and SMRT view. 응용 분야
phh5tools
A Swiss-army knife for interrogating PacBio HDF5 files (cmp.h5, bas.h5)
–readType은 ccs, subreads, unrolled. ccs는 bas.h5 파일 내부에 ccs read가 있는 경우에 뽑아낸다. unrolled는 어떤 것인지 잘 모르겠다.
$ bash5tools input.bas.h5 --outFilePrefix myreads --outType fasta --readType subreads --minReadScore 0.75
SMRT analysis
Canu
일단 실행하기
$ canu -p BRC5 -d canu_BRC5-3cells_2nd genomeSize=3.7m useGrid=false -pacbio-raw BRC5_raw/BRC5-3cells_raw.fasta
gnuplot과 관련한 에러가 나면 다음의 메시지를 참고한다. 명령행에서 'gnuplot'을 입력하여 아무런 오류 없이 잘 실행이 된다면 상관이 없다.
ERROR: Failed to run gnuplot from 'gnuplot'.ERROR: Set option gnuplot=<path-to-gnuplot> or gnuplotTested=true to skip this test and not generate plots.
진짜 raw data를 그대로 쓸 것인가, 아니면 SMRT portal에서 filtered read를 회수하여 쓸 것인가?
SPAdes
Falcon
CLC Genomics Workbench
Unicycler (hybrid assembler)
- (논문) Unicycler: Resolving bacterial genome assemblies from short and long sequencing reads (2017) PMC
Unicycler는 매우 최근에 공개된 short-read-first hybrid assembler이다. GFA 형식의 assembly graph는 같은 개발자가 2015년에 발표한 Bandage(PubMed GitHub Documentation)으로 시각화하면 좋다. Circlator와 같은 외부 tool 없이도 circularization을 해 준다.
설치
Bioconda(py35 environment)로 /data/anaconda2에 설치하였다.
사용법
$ unicycler -t 24 -1 MA-KW_1.fastq -2 MA-KW_2.fastq -l MA-KW_pacbio.fastq -o unicycler_run_20180518_1
이전 실행에서 이미 교정한 read를 사용하여 재조립을 한다면 다음과 같이 실행하여 시간을 줄일 수 있을 것이다.
$ unicycler -t 24 -l CorrectedReads_1.fastq.gz -2 CorrectedReads_2.fastq.gz -s unparedShortReads.fastq --no_correct -l longreads.gz -o outDirectory