이 페이지는 Oxford Nanopore Technologies(ONT)의 sequencing 응용도 포함할 수 있도록 개편되어야 한다. 즉, long read, single molecule 기반의 염기서열 해독을 전부 망라하도록 한다.

• (리뷰 논문) PacBio sequencing and its application (2015) 링크
• PacBio blog
• PacBio Analytical software - SMRT analysis includes SMRT portal, SMRT analysis APIs, and SMRT view. 응용 분야
• PacBio SMRT analysis wiki
• PacBio bioinformatics training wiki

• SMRT analysis system requirements PDF 문서
• v2.3.0 installation guide PDF 문서

공식 documentation

$ canu -p BRC5 -d canu_BRC5-3cells_2nd genomeSize=3.7m useGrid=false -pacbio-raw BRC5_raw/BRC5-3cells_raw.fasta

진짜 raw data를 그대로 쓸 것인가, 아니면 SMRT portal에서 filtered read를 회수하여 쓸 것인가?

• (논문) Unicycler: Resolving bacterial genome assemblies from short and long sequencing reads (2017) PMC
• GitHub Quick usage

Unicycler는 매우 최근에 공개된 short-read-first hybrid assembler이다. GFA 형식의 assembly graph는 같은 개발자가 2015년에 발표한 Bandage(PubMed GitHub Documentation)으로 시각화하면 좋다. Circlator와 같은 외부 tool 없이도 circularization을 해 준다.

Bioconda(py35 environment)로 /data/anaconda2에 설치하였다.

$ unicycler -t 24 -1 MA-KW_1.fastq -2 MA-KW_2.fastq -l MA-KW_pacbio.fastq -o unicycler_run_20180518_1

이전 실행에서 이미 교정한 read를 사용하여 재조립을 한다면 다음과 같이 실행하여 시간을 줄일 수 있을 것이다.

$ unicycler -t 24 -l CorrectedReads_1.fastq.gz -2 CorrectedReads_2.fastq.gz -s unparedShortReads.fastq --no_correct -l longreads.gz -o outDirectory