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server_installation

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server_installation [2016/02/15 18:14] – [Server installation] hyjeongserver_installation [2021/03/17 13:09] (current) – external edit 127.0.0.1
Line 7: Line 7:
 ===== 프로그램 설치 ===== ===== 프로그램 설치 =====
 apt-get 동작이 원활하지 않아서 repository(/etc/apt/sources.list)를 전부 ftp.daum.net으로 바꾸었다. apt-get 동작이 원활하지 않아서 repository(/etc/apt/sources.list)를 전부 ftp.daum.net으로 바꾸었다.
-====== apt-get으로 설치한 것 ======+===== apt-get으로 설치한 것 =====
   * firefox   * firefox
   * evince   * evince
Line 19: Line 19:
   * ncbi-blast+   * ncbi-blast+
   * gedit   * gedit
-====== 수동 설치 ======+  * xterm 
 +  * gv(evince로 postscript 파일을 여는 것이 원활하지 않아서 gv 설치) 
 +  * gpicview (eog로 png 파일을 여는 것이 원활하지 않아서 gpicview 설치) 
 +===== 수동 설치 =====
 패키지를 직접 다운로드하여 설치한 것들은 /usr/local/Bio에 각각 별도의 디렉토리로 존재함 패키지를 직접 다운로드하여 설치한 것들은 /usr/local/Bio에 각각 별도의 디렉토리로 존재함
   * a5_miseq_linux_20140604 [[https://sourceforge.net/projects/ngopt/|link]]    * a5_miseq_linux_20140604 [[https://sourceforge.net/projects/ngopt/|link]] 
Line 31: Line 34:
   * BioPerl [[http://www.bioperl.org/wiki/Installing_BioPerl_on_Ubuntu_Server|설치 방법 참조]]   * BioPerl [[http://www.bioperl.org/wiki/Installing_BioPerl_on_Ubuntu_Server|설치 방법 참조]]
   * /usr/local/Bio/bin에는 기타 파일들이 위치함   * /usr/local/Bio/bin에는 기타 파일들이 위치함
 +  
 +
 +  $ ls /usr/local/Bio/bin/
 +  fastaSplit.pl  gc_skew.pl  getinsertsize.py  n50.pl  run-mummer4.sh  sff_extract  SolexaQA++
 ===== 실습용 데이터 디렉토리 구성 ===== ===== 실습용 데이터 디렉토리 구성 =====
   * /DATA/day_2/00_example_data에 각 파트별로 데이터가 존재함   * /DATA/day_2/00_example_data에 각 파트별로 데이터가 존재함
   * /DATA/day_2/01_results에 실행 결과물이 있음   * /DATA/day_2/01_results에 실행 결과물이 있음
server_installation.1455527696.txt.gz · Last modified: 2021/03/17 13:09 (external edit)