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--- server_installation [2016/02/15 18:13] – created hyjeong
+++ server_installation [2021/03/17 13:09] (current) – external edit 127.0.0.1
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 ====== Server installation ======
-(본 페이지는 단순히 참고를 위한 것임)
+(본 페이지는 단순히 참고를 위한 것임; 이미 실습용 서버에는 세팅이 완료되어 있으므로 수강생 여러분께서는 이를 실행할 필요가 없습니다)
 ===== H/W and OS info =====
   * KT cloud, 8 core, memory 64 GB, 600 GB(/DATA)
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 ===== 프로그램 설치 =====
 apt-get 동작이 원활하지 않아서 repository(/etc/apt/sources.list)를 전부 ftp.daum.net으로 바꾸었다.
-====== apt-get으로 설치한 것 ======
+===== apt-get으로 설치한 것 =====
   * firefox
   * evince
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   * ncbi-blast+
   * gedit
-====== 수동 설치 ======
+  * xterm
+  * gv(evince로 postscript 파일을 여는 것이 원활하지 않아서 gv 설치)
+  * gpicview (eog로 png 파일을 여는 것이 원활하지 않아서 gpicview 설치)
+===== 수동 설치 =====
 패키지를 직접 다운로드하여 설치한 것들은 /usr/local/Bio에 각각 별도의 디렉토리로 존재함
   * a5_miseq_linux_20140604 [[https://sourceforge.net/projects/ngopt/|link]]
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   * ssaha2_v2.5.5_x86_64 [[http://www.sanger.ac.uk/science/tools/ssaha2-0|link]]
   * velvet_1.2.10 [[https://www.ebi.ac.uk/~zerbino/velvet/|link]] (make 'MAXKMERLEGNTH=127')
+  * BioPerl [[http://www.bioperl.org/wiki/Installing_BioPerl_on_Ubuntu_Server|설치 방법 참조]]
   * /usr/local/Bio/bin에는 기타 파일들이 위치함
+  $ ls /usr/local/Bio/bin/
+  fastaSplit.pl  gc_skew.pl  getinsertsize.py  n50.pl  run-mummer4.sh  sff_extract  SolexaQA++
 ===== 실습용 데이터 디렉토리 구성 =====
   * /DATA/day_2/00_example_data에 각 파트별로 데이터가 존재함
   * /DATA/day_2/01_results에 실행 결과물이 있음