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one-liners_for_fastq_files

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one-liners_for_fastq_files [2016/02/16 08:37] – hyjeongone-liners_for_fastq_files [2024/08/27 14:29] (current) – [참고자료] hyjeong
Line 12: Line 12:
   $ sed -n '/2:N/{N;N;N;p;}' interleaved.fastq > file_2.fastq   $ sed -n '/2:N/{N;N;N;p;}' interleaved.fastq > file_2.fastq
  
 +  * Interleaved file의 작성은 velvet 패키지의 contrib/shuffleSequences_fasta에 포함된 유틸리티를 사용하면 된다. 
 ===== Fastq file을 single-line fasta file로 변환하기 ===== ===== Fastq file을 single-line fasta file로 변환하기 =====
  
Line 23: Line 24:
      
 ===== Fastq 파일을 fasta 파일로 전환하기 ===== ===== Fastq 파일을 fasta 파일로 전환하기 =====
-  $ sed –n ‘1~4{s/^@/>/p};2~4p’ file.fastq > file.fa +  $ sed –n '1~4{s/^@/>/p};2~4p file.fastq > file.fa
  
 +===== 참고자료 =====
 +  * AWK와 SED 등을 이용한 서열 조작을 위한 스크립트 예제(v20150922) {{:서열_조작을_위한_스크립트_예제_v20150922_.pdf|PDF download}}
 +  * {{ ::perl을_이용한_multiple_fasta_file의_조작.pdf |}}
  
  
one-liners_for_fastq_files.1455579431.txt.gz · Last modified: (external edit)