Differences

This shows you the differences between two versions of the page.

--- one-liners_for_fastq_files [2016/02/16 08:33] – hyjeong
+++ one-liners_for_fastq_files [2024/08/27 14:29] (current) – [참고자료] hyjeong
@@ Line 5: / Line 5: @@
   $ awk 'NR == 1, NR == 40000 BL21-20x_1.fastq > small_1.fastq
-  * Interleaved file을 2개의 paired file로 분리하기
+===== Interleaved file을 2개의 paired file로 분리하기 =====
   $ awk 'BEGIN{OFS="\n"} $2~/^1:/{header = $0; getline seq; getline qheader; getline qseq; print header, seq, qheader, qseq}' interleaved.fastq > file_1.fastq
@@ Line 12: / Line 12: @@
   $ sed -n '/2:N/{N;N;N;p;}' interleaved.fastq > file_2.fastq
-  * Fastq file을 single-line fasta file로 변환하기
+  * Interleaved file의 작성은 velvet 패키지의 contrib/shuffleSequences_fasta에 포함된 유틸리티를 사용하면 된다.
+===== Fastq file을 single-line fasta file로 변환하기 =====
   $ awk 'NR%4 == 1 {a=substr($0,2)} NR%4 == 2 {print ">" a "\n" $0}' file.fastq > single_line.fasta
+===== Single-line fasta 파일 내의 서열 ID와 길이를 출력하되 긴 서열이 앞으로 나오도록 정렬하기 =====
+  $ awk 'NR%2 == 1 {id=substr($0,2)} NR%2 == 0 {print id, " ", length($1)}' single_line.fa | sort –k 2 –nr
+===== Multi-fasta 파일 내의 서열들을 분리하여 각각을 별도의 파일로 저장하기 =====
+  $ awk '/^>/ {OUT=substr($0,2) ".fa"}; {print >> OUT; close(OUT)}' multi_sequences.fasta
+===== Fastq 파일을 fasta 파일로 전환하기 =====
+  $ sed –n '1~4{s/^@/>/p};2~4p file.fastq > file.fa
+===== 참고자료 =====
+  * AWK와 SED 등을 이용한 서열 조작을 위한 스크립트 예제(v20150922) {{:서열_조작을_위한_스크립트_예제_v20150922_.pdf|PDF download}}
+  * {{ ::perl을_이용한_multiple_fasta_file의_조작.pdf |}}