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--- metamos_installation [2016/11/24 16:25] – [KronaTools taxonomy data] hyjeong
+++ metamos_installation [2021/03/17 13:09] (current) – external edit 127.0.0.1
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   CentOS release 6.8 (Final)
-Linuxbrew를 설치하려면 최소한 development tool(yum groupinstall "Development tools")과 ruby는 미리 깔려 있어야 한다. Linuxbrew 홈페이지를 참조하여 설치를 한 다음 brew doctor를 실행하니 git를 업데이트하라는 메시지가 나온다. brew install git를 하면 glibc, binutils 등 git가 의존하는 패키지가 자동적으로 설치될 것이다. 다음으로는 공식 문서에서 요구하는 prerequisite인 java(6+), perl(5.8.8+), python(2.7.3+), R(2.11.1+ with PNG support), gcc(4.7+), curl 및 wget이 설치되어 있는지 확인하라. gcc -v를 실행하면 linuxbrew를 통해서 5.3.0이 설치되었음을 확인할 수 있다.
+Linuxbrew를 설치하려면 최소한 development tool(yum groupinstall "Development tools")과 ruby는 미리 깔려 있어야 한다. Linuxbrew 홈페이지를 참조하여 설치를 한 다음 brew doctor를 실행하니 git를 업데이트하라는 메시지가 나온다. brew install git를 하면 glibc, binutils 등 git가 의존하는 패키지가 자동적으로 설치될 것이다. 다음으로는 공식 문서에서 요구하는 prerequisite인 java(6+), perl(5.8.8+), **python(2.7.3+)**, R(2.11.1+ with PNG support), **gcc(4.7+)**, curl 및 wget이 설치되어 있는지 확인하라. gcc -v를 실행하면 linuxbrew를 통해서 5.3.0이 설치되었음을 확인할 수 있다. 현재 내가 쓰는 서버의 패키지 설치 상황은 [[my_brew_list|여기]]를 참조하라.
 === Python ===
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   $ brew install open-mpi
   $ pip install --upgrade pip
+=== Linuxbrew에 의존하기 싫다면? ===
+Linuxbrew가 제공하는 gcc는 버전이 5.x대라서 다소 높은 감이 없지 않다. Linuxbrew 없이 gcc의 버전을 높이려면 소스에서 직접 빌드하거나 devtoolset를 사용하는 방법이 있다. [[https://www.continuum.io/downloads|Anaconda]]를 이용하면 최고한 파이썬 실행 환경은 2.7대로 올릴 수 있다.
 === Prerequisite 설치 ===
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 ===== 해결해야 할 문제점 =====
+  - **PhyloSift** --thread 8에서는 잘 작동하지만 --thread 16으로 설정하면 진행이 되지 않는다.