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--- metamos_installation [2016/11/24 15:54] – [Kraken DB] hyjeong
+++ metamos_installation [2021/03/17 13:09] (current) – external edit 127.0.0.1
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   CentOS release 6.8 (Final)
-Linuxbrew를 설치하려면 최소한 development tool(yum groupinstall "Development tools")과 ruby는 미리 깔려 있어야 한다. Linuxbrew 홈페이지를 참조하여 설치를 한 다음 brew doctor를 실행하니 git를 업데이트하라는 메시지가 나온다. brew install git를 하면 glibc, binutils 등 git가 의존하는 패키지가 자동적으로 설치될 것이다. 다음으로는 공식 문서에서 요구하는 prerequisite인 java(6+), perl(5.8.8+), python(2.7.3+), R(2.11.1+ with PNG support), gcc(4.7+), curl 및 wget이 설치되어 있는지 확인하라. gcc -v를 실행하면 linuxbrew를 통해서 5.3.0이 설치되었음을 확인할 수 있다.
+Linuxbrew를 설치하려면 최소한 development tool(yum groupinstall "Development tools")과 ruby는 미리 깔려 있어야 한다. Linuxbrew 홈페이지를 참조하여 설치를 한 다음 brew doctor를 실행하니 git를 업데이트하라는 메시지가 나온다. brew install git를 하면 glibc, binutils 등 git가 의존하는 패키지가 자동적으로 설치될 것이다. 다음으로는 공식 문서에서 요구하는 prerequisite인 java(6+), perl(5.8.8+), **python(2.7.3+)**, R(2.11.1+ with PNG support), **gcc(4.7+)**, curl 및 wget이 설치되어 있는지 확인하라. gcc -v를 실행하면 linuxbrew를 통해서 5.3.0이 설치되었음을 확인할 수 있다. 현재 내가 쓰는 서버의 패키지 설치 상황은 [[my_brew_list|여기]]를 참조하라.
 === Python ===
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   $ brew install open-mpi
   $ pip install --upgrade pip
+=== Linuxbrew에 의존하기 싫다면? ===
+Linuxbrew가 제공하는 gcc는 버전이 5.x대라서 다소 높은 감이 없지 않다. Linuxbrew 없이 gcc의 버전을 높이려면 소스에서 직접 빌드하거나 devtoolset를 사용하는 방법이 있다. [[https://www.continuum.io/downloads|Anaconda]]를 이용하면 최고한 파이썬 실행 환경은 2.7대로 올릴 수 있다.
 === Prerequisite 설치 ===
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 === kraken-build 과정에서 옛날 all.fna.tar.gz 다운로드 시도 ===
 {{ :error_1.png?400 |}}
-메모리가 100 GB 미만이거나 nodbs를 지정하지 않은 경우(if (mem < 100) and not nodbs: - psutil은 메모리 측정에 필요) minikraken DB([[https://ccb.jhu.edu/software/kraken/dl/minikraken.tgz|파일 다운로드]], [[https://ccb.jhu.edu/software/kraken/|kraken 웹사이트]])를 설치하지만 그렇지 않다면 all.fna.tar.gz을 내려받아서 직접 custom kraken DB를 만들도록 되어있다. Utilities/cpp/Linux-x86_64/kraken/bin/kraken-build 스크립트 내부에서 download_genomic_library.sh 스크립트를 불러서 실행하는데, 바로 여기에 옛날 주소의 all.fna.tar.gz가 들어있는 것이다. INSTALL.py 실행 중에 kraken 소스를 내려받아서 설치하도록 되어있으므로, 이를 동시에 고칠 수는 없는 노릇이다. 그러면 해결 방법은 다음과 같다.
+메모리가 100 GB 미만이거나 nodbs를 지정하지 않은 경우(if (mem < 100) and not nodbs: - psutil은 메모리 측정에 필요) minikraken DB([[https://ccb.jhu.edu/software/kraken/dl/minikraken.tgz|파일 다운로드]], [[https://ccb.jhu.edu/software/kraken/|kraken 웹사이트]])를 설치하지만 그렇지 않다면 all.fna.tar.gz을 내려받아서 직접 custom kraken DB를 만들도록 되어있다. **Utilities/cpp/Linux-x86_64/kraken/bin/kraken-build 스크립트 내부에서 download_genomic_library.sh 스크립트를 불러서 실행하는데, 바로 여기에 옛날 주소의 all.fna.tar.gz가 들어있는 것이다.** INSTALL.py 실행 중에 kraken 소스를 내려받아서 설치하도록 되어있으므로, 이를 동시에 고칠 수는 없는 노릇이다. 그러면 해결 방법은 다음과 같다.
-  - Ordered List ItemINSTALL.py를 중간에 오류가 발생한 상태로(all.fna.tar.gz를 다운로드하지 못했다고 해서 install 과정 전체가 중단되지는 않는다) 일단 끝까지 가도록 한 다음, minikraken을 수동으로 설치한다.
+  - INSTALL.py를 중간에 오류가 발생한 상태로(all.fna.tar.gz를 다운로드하지 못했다고 해서 install 과정 전체가 중단되지는 않는다) 일단 끝까지 가도록 한 다음, minikraken을 수동으로 설치한다.
   - 또는 kraken 패키지의 download_genomic_library.sh 내의 all.fna.tar.gz 파일 주소를 고치고 나서 다음 명령을 직접 실행한다. 단, kraken DB를 만들려면 jellyfish v1.x가 필요하므로 metAMOS 환경에서 설치된 jellyfish binary가 $PATH에 포함되도록 해야만 한다. 상당히 시간이 많이 걸리니 각오하라!
-  $ kraken-build --standard --threads $NUM_THREDS --db $METAMOSPATH/Utilities/kraken (장시간 소요)
+  $ bin/kraken-build --standard --threads $NUM_THREDS --db $METAMOSPATH/Utilities/kraken (장시간 소요)
   $ ls -l /home/test/metAMOS-1.5rc3/Utilities/DB
   합계 148994540
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   * https://github.com/snayfach/MIDAS
 ==== KronaTools taxonomy data ====
-이것은 INSTALL.py를 통한 자동 업데이트 기능은 없는 것으로 보인다. nodbs 옵션을 주지 않은 상태에서 tax_key.tab 파일이 없을 떄에만 설치가 된다. 필요하다면 다음을 이따금 실행하면 될 것이다. ${METAMOS_ROOT}KronaTools/taxonomy/taxonomy.tab과 ${METAMOS_ROOT}/Utilities/DB/tax_key.tab이 무엇이 다른지 비교해 보라.
+이것은 INSTALL.py를 통한 자동 업데이트 기능은 없는 것으로 보인다. nodbs 옵션을 주지 않은 상태에서 tax_key.tab 파일이 없을 떄에만 설치가 된다. 필요하다면 다음을 이따금 실행하면 될 것이다. ${METAMOS_ROOT}KronaTools/taxonomy/taxonomy.tab과 ${METAMOS_ROOT}/Utilities/DB/tax_key.tab이 무엇이 다른지 비교해 보라. NCBI taxonomy DB를 kraken과 krona 설치작업 양쪽에서 따로 내려받는 것은 낭비라고 생각된다.
   $ cd ${METAMOS_ROOT}/KronaTools
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 ===== 해결해야 할 문제점 =====
+  - **PhyloSift** --thread 8에서는 잘 작동하지만 --thread 16으로 설정하면 진행이 되지 않는다.