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--- fastq_파일의_qc [2016/02/16 08:46] – created hyjeong
+++ fastq_파일의_qc [2021/03/17 13:09] (current) – external edit 127.0.0.1
@@ Line 1: / Line 1: @@
 ====== Fastq 파일의 QC ======
-===== Java runtime 설치 여부의 확인 =====
+===== Java runtime 설치 여부의 확인(리눅스) =====
   $ java -version
   java version "1.6.0_38"
@@ Line 7: / Line 7: @@
   $
+===== 기본 사용법 =====
+  $ /usr/local/Bio/FastQC/fastqc (GUI mode; Xming을 미리 실행해야 함)
+  $ /usr/local/Bio/FastQC/fastqc BL21-20x_1.fastq BL21-20x_2.fastq [file_3 file_4...]
+  $ firefox firefox BL21-20x_1_fastqc.html (Xming을 미리 실행해야 함)
+  * 윈도에서는 run_fastq.bat를 실행하여 GUI 모드로 작업 권장
+===== 참고사항 =====
+  * [[http://edwards.sdsu.edu/cgi-bin/prinseq/prinseq.cgi|PRINSEQ 서버]](local installation 가능)를 이용하여 포맷 전환, 필터링 및 트리밍 등의 기능도 활용할 수 있음
+  * 이외에도 Trimmomatic, Cutadapt, SolexaQA++ 등의 다양햔 QC/전처리 소프트웨어가 공개되어 있음. Software for pre-processing Illumina next-generation sequencing short read sequences([[http://www.scfbm.org/content/9/1/8|Code for Biology and Medicine 2014, 9:8]]) 참고.
+  * [[https://www.biostars.org/p/6544/|Question: Selecting random pairs from fastq?]]