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cmg-biotools의_활용

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cmg-biotools의_활용 [2016/02/17 14:55] – [5종의 대장균 유전체 서열을 이용한 BLAST atlast 그리기(가상머신에서는 장시간 소요)] hyjeongcmg-biotools의_활용 [2021/03/17 13:09] (current) – external edit 127.0.0.1
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 ====== CMG-biotools 기능 실습 ====== ====== CMG-biotools 기능 실습 ======
 ===== 개요 ===== ===== 개요 =====
-VirtualBox 환경에서 CMG-biotools 가상머신을 켠 후 바탕화면에서 마우스 오른쪽 버튼을 클릭하여('Open Terminal Here') 터미널창을 띄운 뒤 다음에 소개하는 명령어를 입력하여 실습을 진행한다. CMG-biotools의 명령어(스크립트)들은 /usr/biotools에 있으니 필요하다면 다른 리눅스 시스템에 복사하여 사용해도 된다. +VirtualBox 환경에서 [[http://www.cbs.dtu.dk/biotools/CMGtools/|CMG-biotools]] 가상머신을 켠 후 바탕화면에서 마우스 오른쪽 버튼을 클릭하여('Open Terminal Here') 터미널창을 띄운 뒤 다음에 소개하는 명령어를 입력하여 실습을 진행한다. CMG-biotools의 명령어(스크립트)들은 /usr/biotools에 있으니 필요하다면 다른 리눅스 시스템에 복사하여 사용해도 된다. 
-==== GenBanke에서 파일 받기 ====+===== GenBanke에서 파일 받기 =====
   $ gbk_get -a CP001509 > file.gbk   $ gbk_get -a CP001509 > file.gbk
      
-==== GenBank file에서 organism name 추출하기 ====+===== GenBank file에서 organism name 추출하기 =====
   $ gbk_ExtractName file.gbk (organism name을 파일명으로 하는 새로운 GenBank file 생성)   $ gbk_ExtractName file.gbk (organism name을 파일명으로 하는 새로운 GenBank file 생성)
      
-==== GenBank file에서 염기서열 출력하기 ====+===== GenBank file에서 염기서열 출력하기 =====
   $ saco_convert –I genbank –O fasta file.gbk > file.fa   $ saco_convert –I genbank –O fasta file.gbk > file.fa
  
-==== GenBank file에서 유전자(nt)/아미노산 서열 출력하기 ====+===== GenBank file에서 유전자(nt)/아미노산 서열 출력하기 =====
   $ gbk_ExtractGeneProt file.gbk (.fna, .fsa 생성)   $ gbk_ExtractGeneProt file.gbk (.fna, .fsa 생성)
  
-==== Prodigal을 이용한 유전자 예측하기 ====+===== Prodigal을 이용한 유전자 예측하기 =====
   $ prodigalrunner file.fa (.gff, .gbk, .fna, .fsa 생성)   $ prodigalrunner file.fa (.gff, .gbk, .fna, .fsa 생성)
  
-==== Genome 기본 특성 구하기(크기, %GC 등의 정보를 화면으로 출력) ====+===== Genome 기본 특성 구하기(크기, %GC 등의 정보를 화면으로 출력) =====
   $ stats_genomeDNA file.fa   $ stats_genomeDNA file.fa
  
-==== Genome atlast 그리기 ====+===== Genome atlast 그리기 =====
   $ atlas_createConfig –ref file.gbk   $ atlas_createConfig –ref file.gbk
   $ atlas –f file.gbk –c file.gbk.atlas.cf –o file.gbk.atlas.ps   $ atlas –f file.gbk –c file.gbk.atlas.cf –o file.gbk.atlas.ps
   $ evince file.gbk.atlas.ps   $ evince file.gbk.atlas.ps
      
-==== rRNA gene 찾기 ====+===== rRNA gene 찾기 =====
   $ rnamer –S bac –m ssu –f file.rrna file.fa (ssu for 5/8S, lsu 23/28S)   $ rnamer –S bac –m ssu –f file.rrna file.fa (ssu for 5/8S, lsu 23/28S)
      
-==== 5종의 대장균 유전체 서열을 이용한 BLAST atlas 그리기(가상머신에서는 장시간 소요) ====+===== 5종의 대장균 유전체 서열을 이용한 BLAST atlas 그리기(가상머신에서는 장시간 소요) =====
   $ gbk_get -a NC_000913 > K-12.gbk   $ gbk_get -a NC_000913 > K-12.gbk
   $ gbk_get -a CP001509 > BL21_DE3.gbk   $ gbk_get -a CP001509 > BL21_DE3.gbk
   $ gbk_get -a NC_002695 > O157_H7.gbk   $ gbk_get -a NC_002695 > O157_H7.gbk
   $ gbk_get -a NC_011750 > IAI39.gbk   $ gbk_get -a NC_011750 > IAI39.gbk
-  $ gbk_get NC_017634 > O83_H1+  $ gbk_get NC_017634 > O83_H1.gbk
   $ fox x in *gbk   $ fox x in *gbk
   > do   > do
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   $ evince K-12.gbk.blastatlas.ps   $ evince K-12.gbk.blastatlas.ps
      
-==== BLAST matrix 그리기(가상머신에서는 장시간 소요) ====+===== BLAST matrix 그리기(가상머신에서는 장시간 소요) ===== 
 +  $ mkdir blastmatrix 
 +  $ cp *fsa blastmatrix 
 +  $ cd blastmatrix 
 +  $ matrix_createConfig > matrix.xml (표시되는 텍스트를 바꾸려면 .xml을 수정) 
 +  $ matrix -cpu 5 matrix.xml > blastmatrix.ps 
 +  $ evince blastmatrix.ps 
 + 
 +===== 참고자료 ===== 
 +리눅스 가상머신 환경에서 일루미나 read를 이용한 de novo assembly부터 genome annotation까지를 실행할 수 있는 [[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0167701215001207|MyPro]]가 최근 발표되었다. 이 시스템에서는 복수의 de novo assembler를 실행하여 얻은 결과를 [[http://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0060843|CISA contig integrator]]로 통합하여 최적의 결과를 만들어내는 것이 특징이다. 리눅스만을 할당하여 돌릴 하드웨어가 마련되지 않은 상황이라면, 이러한 가상머신을 적극적으로 활용하는 것도 좋은 대안이 될 것이다. MyPro의 활용에 관란 문서는 [[MyPro 활용하기|여기]]를 참조하라. 
 + 
 +====== Bio-Linux 기능 실습 ====== 
 +  * 웹사이트: http://environmentalomics.org/bio-linux/ (latest: version 8, released July 2014) 
 +  * 설치 방법: http://environmentalomics.org/bio-linux-installation/ (.ova file로 설치하는 경우 ID와 password는 전부 manager이다) 
 + 
 +===== 설정 ===== 
 +==== 일반 ==== 
 +클립보드 공유를 '양방향'으로 세팅한다(설정->일반->고급) 
 +==== 공유 폴더 ==== 
 +게스트 확장을 먼저 설치해야 한다. 
 +{{ :공유폴더_bio-linux.png?400 |}} 
 +자동 마운트를 설정하였으므로 이미 /media/sf_vbox에 마운트된 상태이다. CMG-biotools와는 무엇이 다른지 알아보라. 
 +  manager@bl8vbox[manager] df                                           [ 8:41AM] 
 +  Filesystem     1K-blocks      Used Available Use% Mounted on 
 +  /dev/sda1       98595436   9176352  84387612  10% / 
 +  none                   4         0         4   0% /sys/fs/cgroup 
 +  udev             1014168         4   1014164   1% /dev 
 +  tmpfs             204992       816    204176   1% /run 
 +  none                5120         0      5120   0% /run/lock 
 +  none             1024956        76   1024880   1% /run/shm 
 +  none              102400        52    102348   1% /run/user 
 +  vbox           488283156 247657740 240625416  51% /media/sf_vbox
  
cmg-biotools의_활용.1455688557.txt.gz · Last modified: (external edit)