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--- building_myubuntu_distro [2022/07/25 13:43] – [간단한 ANI 계산기] hyjeong
+++ building_myubuntu_distro [2022/07/25 14:21] (current) – [NCBI legacy blast] hyjeong
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 ===== Miniconda 및 실습용 프로그램 설치(bioconda package) =====
-**파이썬 3.8** 기반의 [[https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html|miniconda]] installer를 사용한다. 2022년 5월 30일 현재 최신 installer는 파이썬 3.9 기반이다.
+**파이썬 3.8** 기반의 [[https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html|miniconda]] installer를 사용하는 것이 무난하다. 2022년 5월 30일 현재 최신 installer는 파이썬 3.9 기반이다.
   $ wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-py38_4.11.0-Linux-x86_64.sh
   $ bash Miniconda3-py38_4.11.0-Linux-x86_64.sh
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   export PATH=/home/kribb/bin:$PATH
-==== KentUtils ====
+==== KentUtils(MIT license) ====
 [[https://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/|Jim Kent의 유틸리티]] 중에서 다음의 두 개를 가져온다.
   * [[http://hgdownload.soe.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/faSomeRecords|faSomeRecord]]
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   $ chmod a+x ANI.pl
-==== check_circularity.pl 스크립트 ====
+==== check_circularity.pl 스크립트(in sprai package; MIT license)====
-[[https://anaconda.org/bioconda/sprai/0.9.9.23/download/linux-64/sprai-0.9.9.23-py27pl5.22.0_0.tar.bz2|Sprai 패키지]]의 압축을 풀고 check_circularity.pl 파일을 꺼낸 뒤 1-4줄을 다음과 같이 수정한다.
+[[https://anaconda.org/bioconda/sprai/0.9.9.23/download/linux-64/sprai-0.9.9.23-py27pl5.22.0_0.tar.bz2|Sprai 패키지]]를 가져다가 압축을 푼다.
+  $ cd ~/apps
+  $ wget https://anaconda.org/bioconda/sprai/0.9.9.23/download/linux-64/sprai-0.9.9.23-py27pl5.22.0_0.tar.bz2
+  $ tar -xvf sprai-0.9.9.23-py27pl5.22.0_0.tar.bz2
+~/apps/bin/check_circularity.pl의 라인 1~4를 다음과 같이 수정한 다음 ~/bin에 복사한다.
   #!/usr/bin/env perl
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 ==== run-mummer4.sh ====
-내가 만든 짤막한 스크립트. 우분투에서는 shebang line에 '/bin/sh'라고 해 놓으면 bash가 아니라 dash로 연결되므로 유의해야 한다.
+내가 만든 짤막한 스크립트. 우분투에서는 shebang line에 '/bin/sh'라고 해 놓으면 bash가 아니라 dash로 연결되므로 유의해야 한다. nucmer의 '-c' 파라미터(minimum length of a cluster)는 100 정도로 줄여도 된다.
   #!/usr/bin/bash
   #
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   ANI.pl  check_circularity.pl  faSomeRecords  faSplit  run-mummer4.sh  st
-==== NCBI legacy blast ====
+==== NCBI legacy blast(License: Public Domain) ====
 ANI.pl과 pyani 실행에 필요하다. [[https://github.com/kad-ecoli/ncbi-blast-legacy|GitHub]]에서 [[https://github.com/kad-ecoli/ncbi-blast-legacy/releases/download/2.2.26/blast-2.2.26-x64-linux.tar.gz|blast-2.2.26-x64-linux.tar.gz]]를 가져다가 ~/apps 아래에서 압축을 푼다. ZGA pipeline의 dFAST annotation 과정에서는 여기에 포함된 rpsblast를 참조해서는 안된다. 따라서 ANI.pl 또는 pyani 실행 직전에 /home/kribb/bin/apps/blast-2.2.26/bin을 PATH에 포함시키도록 한다.
+  $ cd ~/apps
+  $  wget https://github.com/kad-ecoli/ncbi-blast-legacy/releases/download/2.2.26/blast-2.2.26-x64-linux.tar.gz
+  $ tar -xvzf blast-2.2.26-x64-linux.tar.gz
 ===== SSL 인증서 설치하기 =====
 KRIBB 전산망 내에 있다면 SSLPrism.crt를 설치해야 한다. [[https://genoglobe.com/kribb/ssl_%EC%9D%B8%EC%A6%9D%EC%84%9C_%EB%AC%B8%EC%A0%9C%EC%9D%98_%ED%95%B4%EA%B2%B0_%EB%B0%A9%EB%B2%95|리눅스에서 SSL 인증서 문제의 해결 방법]] 위키 문서에서 [[https://genoglobe.com/kribb/ssl_%EC%9D%B8%EC%A6%9D%EC%84%9C_%EB%AC%B8%EC%A0%9C%EC%9D%98_%ED%95%B4%EA%B2%B0_%EB%B0%A9%EB%B2%95#ubuntu|Ubuntu]] 항목을 참조하여 설치한다.
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   $ conda install mamba -n base -c conda-forge
 [[https://github.com/marbl/canu|canu assembler]]와 [[https://github.com/tseemann/prokka|prokka annotation tool]]을 직접 설치하는 것도 실력을 향상하는데 큰 도움이 될 것이다.
+==== 힌트 ====
+  * Canu는 v2.2의 바이너리 압축 파일을 가져다가 설치하라. xz로 압축되어 있으므로 conda base environment를 사용하라.
+  * prokka는 conda base environment에서 mamba를 이용하여 설치하라.