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--- building_myubuntu_distro [2022/07/25 11:26] – [과제] hyjeong
+++ building_myubuntu_distro [2022/07/25 14:21] (current) – [NCBI legacy blast] hyjeong
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 ===== Miniconda 및 실습용 프로그램 설치(bioconda package) =====
-**파이썬 3.8** 기반의 [[https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html|miniconda]] installer를 사용한다. 2022년 5월 30일 현재 최신 installer는 파이썬 3.9 기반이다.
+**파이썬 3.8** 기반의 [[https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html|miniconda]] installer를 사용하는 것이 무난하다. 2022년 5월 30일 현재 최신 installer는 파이썬 3.9 기반이다.
   $ wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-py38_4.11.0-Linux-x86_64.sh
   $ bash Miniconda3-py38_4.11.0-Linux-x86_64.sh
-설치 중에는 'conda init' 스크립트를 이용하여 startup script를 수정하도록 만든다. 종료 후 재시작하면 자동으로 conda base environment에 들어갈 것이다. 혹은 재시작하지 않고 다음과 같이 'source ~/.bashrc'를 실행해도 된다. conda config 파일을 수정하여 'conda activate' 명령을 입력해야만 conda base environment에 진입하도록 수정한다.
+설치 중에는 'conda init' 스크립트를 이용하여 startup script를 수정하도록 만든다.
+  installation finished.
+  Do you wish the installer to initialize Miniconda3
+  by running conda init? [yes|no]
+  [no] >>>   <= yes 입력
+종료 후 재시작하면 자동으로 conda base environment에 들어갈 것이다. 혹은 재시작하지 않고 다음과 같이 'source ~/.bashrc'를 실행해도 된다. conda config 파일을 수정하여 'conda activate' 명령을 입력해야만 conda base environment에 진입하도록 수정한다.
   $ source ~/.bashrc
   (base) $ conda config --set auto_activate_base false
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   export PATH=/home/kribb/bin:$PATH
-==== KentUtils ====
+==== KentUtils(MIT license) ====
 [[https://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/|Jim Kent의 유틸리티]] 중에서 다음의 두 개를 가져온다.
   * [[http://hgdownload.soe.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/faSomeRecords|faSomeRecord]]
   * [[http://hgdownload.soe.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/faSplit|faSplit]]
-==== 간단한 ANI 계산기 ====
-https://github.com/chjp/ANI
-==== check_circularity.pl 스크립트 ====
+  $ cd ~/bin
-[[https://anaconda.org/bioconda/sprai/0.9.9.23/download/linux-64/sprai-0.9.9.23-py27pl5.22.0_0.tar.bz2|Sprai 패키지]]의 압축을 풀고 check_circularity.pl 파일을 꺼낸 뒤 1-4줄을 다음과 같이 수정한다.
+  $ wget http://hgdownload.soe.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/faSomeRecords
+  $ wget http://hgdownload.soe.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/faSplit
+  $ chmod a+x faSomeRecords faSplit
+==== 간단한 ANI 계산기(license 정보 없음) ====
+https://github.com/chjp/ANI 사이트를 참조하여 ANI.pl 파일을 다운로드한다. legacy blast가 있어야 실행 가능하다.
+  $ cd ~/bin
+  $ wget https://raw.githubusercontent.com/chjp/ANI/master/ANI.pl
+  $ chmod a+x ANI.pl
+==== check_circularity.pl 스크립트(in sprai package; MIT license)====
+[[https://anaconda.org/bioconda/sprai/0.9.9.23/download/linux-64/sprai-0.9.9.23-py27pl5.22.0_0.tar.bz2|Sprai 패키지]]를 가져다가 압축을 푼다.
+  $ cd ~/apps
+  $ wget https://anaconda.org/bioconda/sprai/0.9.9.23/download/linux-64/sprai-0.9.9.23-py27pl5.22.0_0.tar.bz2
+  $ tar -xvf sprai-0.9.9.23-py27pl5.22.0_0.tar.bz2
+~/apps/bin/check_circularity.pl의 라인 1~4를 다음과 같이 수정한 다음 ~/bin에 복사한다.
   #!/usr/bin/env perl
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 ==== run-mummer4.sh ====
-내가 만든 짤막한 스크립트. 우분투에서는 shebang line에 '/bin/sh'라고 해 놓으면 bash가 아니라 dash로 연결되므로 유의해야 한다.
+내가 만든 짤막한 스크립트. 우분투에서는 shebang line에 '/bin/sh'라고 해 놓으면 bash가 아니라 dash로 연결되므로 유의해야 한다. nucmer의 '-c' 파라미터(minimum length of a cluster)는 100 정도로 줄여도 된다.
   #!/usr/bin/bash
   #
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   mummerplot --postscript $1.delta -R $2 -Q $3  --layout --prefix=$1
-==== Seqtool ====
+==== Seqtool(MIT license) ====
 https://github.com/markschl/seqtool에서 리눅스 X86_64용 바이너리([[https://github.com/markschl/seqtool/releases/download/v0.3.0/seqtool-v0.3.0-x86_64-unknown-linux-gnu.tar.gz|seqtool-v0.3.0-x86_64-unknown-linux-gnu.tar.gz]])를 가져다가 압축을 푼다.
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   ANI.pl  check_circularity.pl  faSomeRecords  faSplit  run-mummer4.sh  st
-==== NCBI legacy blast ====
+==== NCBI legacy blast(License: Public Domain) ====
 ANI.pl과 pyani 실행에 필요하다. [[https://github.com/kad-ecoli/ncbi-blast-legacy|GitHub]]에서 [[https://github.com/kad-ecoli/ncbi-blast-legacy/releases/download/2.2.26/blast-2.2.26-x64-linux.tar.gz|blast-2.2.26-x64-linux.tar.gz]]를 가져다가 ~/apps 아래에서 압축을 푼다. ZGA pipeline의 dFAST annotation 과정에서는 여기에 포함된 rpsblast를 참조해서는 안된다. 따라서 ANI.pl 또는 pyani 실행 직전에 /home/kribb/bin/apps/blast-2.2.26/bin을 PATH에 포함시키도록 한다.
+  $ cd ~/apps
+  $  wget https://github.com/kad-ecoli/ncbi-blast-legacy/releases/download/2.2.26/blast-2.2.26-x64-linux.tar.gz
+  $ tar -xvzf blast-2.2.26-x64-linux.tar.gz
 ===== SSL 인증서 설치하기 =====
 KRIBB 전산망 내에 있다면 SSLPrism.crt를 설치해야 한다. [[https://genoglobe.com/kribb/ssl_%EC%9D%B8%EC%A6%9D%EC%84%9C_%EB%AC%B8%EC%A0%9C%EC%9D%98_%ED%95%B4%EA%B2%B0_%EB%B0%A9%EB%B2%95|리눅스에서 SSL 인증서 문제의 해결 방법]] 위키 문서에서 [[https://genoglobe.com/kribb/ssl_%EC%9D%B8%EC%A6%9D%EC%84%9C_%EB%AC%B8%EC%A0%9C%EC%9D%98_%ED%95%B4%EA%B2%B0_%EB%B0%A9%EB%B2%95#ubuntu|Ubuntu]] 항목을 참조하여 설치한다.
 ===== 파일로 export 후 재설치하기(import) =====
-홈 디렉토리에서 꼭 필요하지 않은 파일을 지운다.
+tar 파일로 export하려 배포하려면 크기를 줄이는 것이 중요하므로, 홈 디렉토리에서 꼭 필요하지 않은 파일을 지운다.
   $ rm .viminfo .wget-hsts .sudo_as_admin_successful .bash_history
 용량을 줄이기 위해 원본 패키지를 삭제한다.
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   $ conda install mamba -n base -c conda-forge
 [[https://github.com/marbl/canu|canu assembler]]와 [[https://github.com/tseemann/prokka|prokka annotation tool]]을 직접 설치하는 것도 실력을 향상하는데 큰 도움이 될 것이다.
+==== 힌트 ====
+  * Canu는 v2.2의 바이너리 압축 파일을 가져다가 설치하라. xz로 압축되어 있으므로 conda base environment를 사용하라.
+  * prokka는 conda base environment에서 mamba를 이용하여 설치하라.