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--- bioinfo:vsearch [2025/07/03 12:47] – [Dereplication] hyjeong
+++ bioinfo:vsearch [2025/07/03 13:06] (current) – [VSEARCH] hyjeong
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 ====== VSEARCH ======
-===== Dereplication =====
+이 위키 페이지를 만든 것은 2025년, 그러나 오래전인 2018년 내 블로그에 [[https://blog.genoglobe.com/2018/02/usearch.html|Usearch 맛보기]]라는 글을 쓴 일이 있었다. VSEARCH는 Robert Edgar의 유명한 Usearch의 기능을 갖도록 만든(그리고 더 빠른?) 공개 소프트웨어이다.
   * [[https://github.com/torognes/vsearch|VSEARCH GitHub]]
-  * [[https://github.com/torognes/vsearch/wiki|VSEARCH wiki]]
+  *   * [[https://github.com/torognes/vsearch/wiki|VSEARCH wiki]]
-  * [[https://vcru.wisc.edu/simonlab/bioinformatics/programs/vsearch/vsearch_manual.pdf|VSEARCH manual (pdf)]]
+  * https://github.com/torognes/vsearch/wiki/Clustering
+  * [[https://vcru.wisc.edu/simonlab/bioinformatics/programs/vsearch/vsearch_manual.pdf|VSEARCH manual (PDF)]]
+===== Dereplication =====
-https://github.com/torognes/vsearch/wiki/Clustering
+옵션을 빼먹으면 나중에 귀찮아진다.
-  $ vsearch --derep_fulllength Korea_plus_Delta.trimmed --uc cluster --output derep.fa
+  $ vsearch --derep_fulllength Korea_plus_Delta.trimmed --uc cluster --output derep.fa --sizeout
   vsearch v2.21.1_linu  x_x86_64, 125.7GB RAM, 32 cores
   https://github.com/tognes/vsearch
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   Writing uc file, second part 100%
-Cluster 정보 파일은 USEARCH의 [[https://drive5.com/usearch/manual/opt_uc.html|UC 출력 포맷]]과 같다
+Cluster 정보 파일은 USEARCH의 [[https://drive5.com/usearch/manual/opt_uc.html|UC 출력 파일]]과 같은 정보를 수록하고 있다.