Differences

This shows you the differences between two versions of the page.

--- bioinfo:prokaryotic_genome_analysis_manual_2023 [2023/08/17 08:51] – [목차] hyjeong
+++ bioinfo:prokaryotic_genome_analysis_manual_2023 [2025/07/03 12:31] (current) – [목차] hyjeong
@@ Line 21: / Line 21: @@
 ===== 목차 =====
+아래에 제시한 목록 중 일부는 너무 오래 전에 작성한 것이라서 현실에 맞지 않거나, 또는 공부가 부족한 관계로 앞으로도 영원히 채워지지 않을 수도 있다.
   - [[실습용 자료]]
@@ Line 39: / Line 40: @@
   - [[유전체 염기서열로부터 보툴리눔 톡신의 서브타입 알아내기]] <color #ed1c24>//완료//</color>
   - [[batch download of NCBI genomes|NCBI에서 특정 분류군에 속하는 미생물 유전체를 일괄적으로 다운로드하기]] <color #ed1c24>//완료//</color>
-  - [[E-Direct로 명령행에서 Entrez DB 접근하기]]
+  - [[E-Direct로 명령행에서 Entrez DB 접근하기]] <color #ed1c24>//완료//</color>
   - [[서열 데이터베이스의 검색(BLAST)]] <color #ed1c24>//완료//</color>
   - [[Average nucleotide identity(ANI)의 계산]] <color #ed1c24>//완료//</color>
-  - [[:manipulation_of_ani_matrix_data_file_using_r|R을 이용하여 ANI matrix 자료 다루기]]
+  - [[:manipulation_of_ani_matrix_data_file_using_r|R을 이용하여 ANI matrix 자료 다루기]] - 클러스터링, 시각화(heatmap 등), 트리자료의 조작 포함 <color #ed1c24>//완료//</color>
   - [[Pan-genome analysis]] <color #ed1c24>//완료//</color>
   - [[상동유전자의 동정(inter-species)]]
@@ Line 53: / Line 54: @@
   - [[16S rRNA amplicon sequencing을 이용한 메타게놈 분석]]
   - [[Long read sequencing 결과물 다루기]]
+    - [[Long read assembly 2024]]
   - [[Long read 기반 유전체 조립 결과물의 후처리]]
   - [[TORMES pipeline을 이용한 bacterial WGS analysis]] <color #ed1c24>//완료//</color>
@@ Line 62: / Line 64: @@
   - [[[부록] 유용한 팁 모음]] <color #ed1c24>//완료//</color>
   - ...to be continued
+      - [[Vsearch]]
 ===== 잡담 =====
 예전에는 하나의 conda environment에 되도록 많은 응용프로그램을 설치하기 위해 많은 노력을 했었다. 그러나 요즘은 서로 의존성이 잘 맞지 않는 프로그램은 별도의 환경에 따로 설치하는 쪽으로 바뀌었다. 그렇게 하는 것이 훨씬 깔끔하고, 워낙 디스크 가격도 많이 내려갔으니 아끼려고 노력할 필요도 없다. 다만 내가 실행하려는 프로그램이 어느 환경에 들어가 있는지 잘 파악해 두어야 한다.