bioinfo:prokaryotic_genome_analysis_manual_2023
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| + | 아래에 제시한 목록 중 일부는 너무 오래 전에 작성한 것이라서 현실에 맞지 않거나, 또는 공부가 부족한 관계로 앞으로도 영원히 채워지지 않을 수도 있다. | ||
| - [[실습용 자료]] | - [[실습용 자료]] | ||
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| - [[Whole-genome alignment]] <color # | - [[Whole-genome alignment]] <color # | ||
| - [[유전체 주석화(genome annotation)]] <color # | - [[유전체 주석화(genome annotation)]] <color # | ||
| - | - [[유전체 염기서열로부터 보툴리눔 톡신의 서브타입 알아내기]] | + | - [[유전체 염기서열로부터 보툴리눔 톡신의 서브타입 알아내기]] |
| - [[batch download of NCBI genomes|NCBI에서 특정 분류군에 속하는 미생물 유전체를 일괄적으로 다운로드하기]] <color # | - [[batch download of NCBI genomes|NCBI에서 특정 분류군에 속하는 미생물 유전체를 일괄적으로 다운로드하기]] <color # | ||
| - | - [[E-Direct로 명령행에서 Entrez DB 접근하기]] | + | - [[E-Direct로 명령행에서 Entrez DB 접근하기]] |
| - [[서열 데이터베이스의 검색(BLAST)]] <color # | - [[서열 데이터베이스의 검색(BLAST)]] <color # | ||
| - [[Average nucleotide identity(ANI)의 계산]] <color # | - [[Average nucleotide identity(ANI)의 계산]] <color # | ||
| + | - [[: | ||
| - [[Pan-genome analysis]] <color # | - [[Pan-genome analysis]] <color # | ||
| - [[상동유전자의 동정(inter-species)]] | - [[상동유전자의 동정(inter-species)]] | ||
| - [[Prophage 서열 찾기]] <color # | - [[Prophage 서열 찾기]] <color # | ||
| - [[계통수 작성하기]] <color # | - [[계통수 작성하기]] <color # | ||
| - | - [[BLAST Score Ratio(BSR)을 이용한 마커 유전자의 탐색]] | + | - [[BLAST Score Ratio(BSR)을 이용한 마커 유전자의 탐색]] |
| - [[PhyloSift를 이용한 genome 또는 metagenome의 분석]] - PhyloSift는 내가 꽤 즐겨 사용하던 도구였으나 이제는 배포용 웹사이트가 제대로 유지되지 않는다. 나의 매뉴얼에서도 퇴출을 해야 될 것 같다. | - [[PhyloSift를 이용한 genome 또는 metagenome의 분석]] - PhyloSift는 내가 꽤 즐겨 사용하던 도구였으나 이제는 배포용 웹사이트가 제대로 유지되지 않는다. 나의 매뉴얼에서도 퇴출을 해야 될 것 같다. | ||
| - [[Primer design]] | - [[Primer design]] | ||
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| - [[16S rRNA amplicon sequencing을 이용한 메타게놈 분석]] | - [[16S rRNA amplicon sequencing을 이용한 메타게놈 분석]] | ||
| - [[Long read sequencing 결과물 다루기]] | - [[Long read sequencing 결과물 다루기]] | ||
| + | - [[Long read assembly 2024]] | ||
| - [[Long read 기반 유전체 조립 결과물의 후처리]] | - [[Long read 기반 유전체 조립 결과물의 후처리]] | ||
| - [[TORMES pipeline을 이용한 bacterial WGS analysis]] <color # | - [[TORMES pipeline을 이용한 bacterial WGS analysis]] <color # | ||
bioinfo/prokaryotic_genome_analysis_manual_2023.1691744542.txt.gz · Last modified: by hyjeong