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bioinfo:prokaryotic_genome_analysis_manual_2023

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bioinfo:prokaryotic_genome_analysis_manual_2023 [2023/06/29 11:37] – [목차] hyjeongbioinfo:prokaryotic_genome_analysis_manual_2023 [2024/06/17 08:10] (current) – [목차] hyjeong
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 간혹 내가 직접 만든 별볼일 없는 Perl/bash/R script도 소개하였다. 우분투에서는 기본 shell이 bash가 아닌 dash이므로 호환성 문제가 생길 수 있다. shebang line을 '#!/bin/sh'에서 '#!/usr/bin/bash' 또는 '#!/usr/bin/env bash'로 바꾸거나, [[https://faq.hostway.co.kr/Linux_ETC/7267|여기]]에 나오는 방법에 따라 기본 shell을 bash로 바꾸어서 실행하기 바란다. 간혹 내가 직접 만든 별볼일 없는 Perl/bash/R script도 소개하였다. 우분투에서는 기본 shell이 bash가 아닌 dash이므로 호환성 문제가 생길 수 있다. shebang line을 '#!/bin/sh'에서 '#!/usr/bin/bash' 또는 '#!/usr/bin/env bash'로 바꾸거나, [[https://faq.hostway.co.kr/Linux_ETC/7267|여기]]에 나오는 방법에 따라 기본 shell을 bash로 바꾸어서 실행하기 바란다.
 +
 +실습용 데이터 파일은 아무리 간단한 텍스트 파일이라 해도 zip으로 압축하여 올려 놓았다. 왜냐하면 DokuWiki에서는 보안 때문에 업로드할 수 있는 파일의 확장자에 제한을 걸어 두었기 때문이다.
  
 작업 개시일은 2023년 6월 20일이다. 늦어도 7월 내에 마무리하는 것을 목표로 한다. 어휴... 언제 다 한담. 작업 개시일은 2023년 6월 20일이다. 늦어도 7월 내에 마무리하는 것을 목표로 한다. 어휴... 언제 다 한담.
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 ===== 목차 ===== ===== 목차 =====
 +아래에 제시한 목록 중 일부는 너무 오래 전에 작성한 것이라서 현실에 맞지 않거나, 또는 공부가 부족한 관계로 앞으로도 영원히 채워지지 않을 수도 있다.
  
   - [[실습용 자료]]   - [[실습용 자료]]
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   - [[Whole-genome alignment]] <color #ed1c24>//완료//</color>   - [[Whole-genome alignment]] <color #ed1c24>//완료//</color>
   - [[유전체 주석화(genome annotation)]] <color #ed1c24>//완료//</color>   - [[유전체 주석화(genome annotation)]] <color #ed1c24>//완료//</color>
-  - [[유전체 염기서열로부터 보툴리눔 톡신의 서브타입 알아내기]]+  - [[유전체 염기서열로부터 보툴리눔 톡신의 서브타입 알아내기]] <color #ed1c24>//완료//</color>
   - [[batch download of NCBI genomes|NCBI에서 특정 분류군에 속하는 미생물 유전체를 일괄적으로 다운로드하기]] <color #ed1c24>//완료//</color>   - [[batch download of NCBI genomes|NCBI에서 특정 분류군에 속하는 미생물 유전체를 일괄적으로 다운로드하기]] <color #ed1c24>//완료//</color>
-  - [[E-Direct로 명령행에서 Entrez DB 접근하기]]+  - [[E-Direct로 명령행에서 Entrez DB 접근하기]] <color #ed1c24>//완료//</color>
   - [[서열 데이터베이스의 검색(BLAST)]] <color #ed1c24>//완료//</color>   - [[서열 데이터베이스의 검색(BLAST)]] <color #ed1c24>//완료//</color>
   - [[Average nucleotide identity(ANI)의 계산]] <color #ed1c24>//완료//</color>   - [[Average nucleotide identity(ANI)의 계산]] <color #ed1c24>//완료//</color>
 +  - [[:manipulation_of_ani_matrix_data_file_using_r|R을 이용하여 ANI matrix 자료 다루기]] - 클러스터링, 시각화(heatmap 등), 트리자료의 조작 포함 <color #ed1c24>//완료//</color>
   - [[Pan-genome analysis]] <color #ed1c24>//완료//</color>   - [[Pan-genome analysis]] <color #ed1c24>//완료//</color>
   - [[상동유전자의 동정(inter-species)]]   - [[상동유전자의 동정(inter-species)]]
   - [[Prophage 서열 찾기]] <color #ed1c24>//완료//</color>   - [[Prophage 서열 찾기]] <color #ed1c24>//완료//</color>
-  - [[계통수 작성하기]] +  - [[계통수 작성하기]] <color #ed1c24>//완료//</color> 
-  - [[BLAST Score Ratio(BSR)을 이용한 마커 유전자의 탐색]] +  - [[BLAST Score Ratio(BSR)을 이용한 마커 유전자의 탐색]] <color #ed1c24>//완료//</color> 
-  - [[PhyloSift를 이용한 genome 또는 metagenome의 분석]]+  - [[PhyloSift를 이용한 genome 또는 metagenome의 분석]] - PhyloSift는 내가 꽤 즐겨 사용하던 도구였으나 이제는 배포용 웹사이트가 제대로 유지되지 않는다. 나의 매뉴얼에서도 퇴출을 해야 될 것 같다.
   - [[Primer design]]   - [[Primer design]]
   - [[iTOL에서 annotated tree 만들기]]   - [[iTOL에서 annotated tree 만들기]]
   - [[16S rRNA amplicon sequencing을 이용한 메타게놈 분석]]   - [[16S rRNA amplicon sequencing을 이용한 메타게놈 분석]]
   - [[Long read sequencing 결과물 다루기]]   - [[Long read sequencing 결과물 다루기]]
 +    - [[Long read assembly 2024]]
   - [[Long read 기반 유전체 조립 결과물의 후처리]]   - [[Long read 기반 유전체 조립 결과물의 후처리]]
   - [[TORMES pipeline을 이용한 bacterial WGS analysis]] <color #ed1c24>//완료//</color>   - [[TORMES pipeline을 이용한 bacterial WGS analysis]] <color #ed1c24>//완료//</color>
bioinfo/prokaryotic_genome_analysis_manual_2023.1688006260.txt.gz · Last modified: by hyjeong