bioinfo:prokaryotic_genome_analysis_manual_2023
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| 간혹 내가 직접 만든 별볼일 없는 Perl/bash/R script도 소개하였다. 우분투에서는 기본 shell이 bash가 아닌 dash이므로 호환성 문제가 생길 수 있다. shebang line을 '# | 간혹 내가 직접 만든 별볼일 없는 Perl/bash/R script도 소개하였다. 우분투에서는 기본 shell이 bash가 아닌 dash이므로 호환성 문제가 생길 수 있다. shebang line을 '# | ||
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| + | 실습용 데이터 파일은 아무리 간단한 텍스트 파일이라 해도 zip으로 압축하여 올려 놓았다. 왜냐하면 DokuWiki에서는 보안 때문에 업로드할 수 있는 파일의 확장자에 제한을 걸어 두었기 때문이다. | ||
| 작업 개시일은 2023년 6월 20일이다. 늦어도 7월 내에 마무리하는 것을 목표로 한다. 어휴... 언제 다 한담. | 작업 개시일은 2023년 6월 20일이다. 늦어도 7월 내에 마무리하는 것을 목표로 한다. 어휴... 언제 다 한담. | ||
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| ===== 목차 ===== | ===== 목차 ===== | ||
| + | 아래에 제시한 목록 중 일부는 너무 오래 전에 작성한 것이라서 현실에 맞지 않거나, 또는 공부가 부족한 관계로 앞으로도 영원히 채워지지 않을 수도 있다. | ||
| - [[실습용 자료]] | - [[실습용 자료]] | ||
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| - [[Whole-genome alignment]] <color # | - [[Whole-genome alignment]] <color # | ||
| - [[유전체 주석화(genome annotation)]] <color # | - [[유전체 주석화(genome annotation)]] <color # | ||
| - | - [[유전체 염기서열로부터 보툴리눔 톡신의 서브타입 알아내기]] | + | - [[유전체 염기서열로부터 보툴리눔 톡신의 서브타입 알아내기]] |
| - [[batch download of NCBI genomes|NCBI에서 특정 분류군에 속하는 미생물 유전체를 일괄적으로 다운로드하기]] <color # | - [[batch download of NCBI genomes|NCBI에서 특정 분류군에 속하는 미생물 유전체를 일괄적으로 다운로드하기]] <color # | ||
| - | - [[E-Direct로 명령행에서 Entrez DB 접근하기]] | + | - [[E-Direct로 명령행에서 Entrez DB 접근하기]] |
| - [[서열 데이터베이스의 검색(BLAST)]] <color # | - [[서열 데이터베이스의 검색(BLAST)]] <color # | ||
| - [[Average nucleotide identity(ANI)의 계산]] <color # | - [[Average nucleotide identity(ANI)의 계산]] <color # | ||
| - | - [[Pan-genome analysis]] | + | |
| + | | ||
| - [[상동유전자의 동정(inter-species)]] | - [[상동유전자의 동정(inter-species)]] | ||
| - [[Prophage 서열 찾기]] <color # | - [[Prophage 서열 찾기]] <color # | ||
| - | - [[계통수 작성하기]] | + | - [[계통수 작성하기]] |
| - | - [[BLAST Score Ratio(BSR)을 이용한 마커 유전자의 탐색]] | + | - [[BLAST Score Ratio(BSR)을 이용한 마커 유전자의 탐색]] |
| - | - [[PhyloSift를 이용한 genome 또는 metagenome의 분석]] | + | - [[PhyloSift를 이용한 genome 또는 metagenome의 분석]] |
| - [[Primer design]] | - [[Primer design]] | ||
| - [[iTOL에서 annotated tree 만들기]] | - [[iTOL에서 annotated tree 만들기]] | ||
| - [[16S rRNA amplicon sequencing을 이용한 메타게놈 분석]] | - [[16S rRNA amplicon sequencing을 이용한 메타게놈 분석]] | ||
| - [[Long read sequencing 결과물 다루기]] | - [[Long read sequencing 결과물 다루기]] | ||
| + | - [[Long read assembly 2024]] | ||
| - [[Long read 기반 유전체 조립 결과물의 후처리]] | - [[Long read 기반 유전체 조립 결과물의 후처리]] | ||
| - [[TORMES pipeline을 이용한 bacterial WGS analysis]] <color # | - [[TORMES pipeline을 이용한 bacterial WGS analysis]] <color # | ||
| Line 59: | Line 64: | ||
| - [[[부록] 유용한 팁 모음]] <color # | - [[[부록] 유용한 팁 모음]] <color # | ||
| - ...to be continued | - ...to be continued | ||
| + | - [[Vsearch]] | ||
| ===== 잡담 ===== | ===== 잡담 ===== | ||
| 예전에는 하나의 conda environment에 되도록 많은 응용프로그램을 설치하기 위해 많은 노력을 했었다. 그러나 요즘은 서로 의존성이 잘 맞지 않는 프로그램은 별도의 환경에 따로 설치하는 쪽으로 바뀌었다. 그렇게 하는 것이 훨씬 깔끔하고, | 예전에는 하나의 conda environment에 되도록 많은 응용프로그램을 설치하기 위해 많은 노력을 했었다. 그러나 요즘은 서로 의존성이 잘 맞지 않는 프로그램은 별도의 환경에 따로 설치하는 쪽으로 바뀌었다. 그렇게 하는 것이 훨씬 깔끔하고, | ||
bioinfo/prokaryotic_genome_analysis_manual_2023.1688006219.txt.gz · Last modified: by hyjeong