bioinfo:prokaryotic_genome_analysis_manual_2023
Differences
This shows you the differences between two versions of the page.
| Both sides previous revisionPrevious revisionNext revision | Previous revision | ||
| bioinfo:prokaryotic_genome_analysis_manual_2023 [2023/06/28 15:59] – [목차] hyjeong | bioinfo:prokaryotic_genome_analysis_manual_2023 [2024/06/17 08:10] (current) – [목차] hyjeong | ||
|---|---|---|---|
| Line 7: | Line 7: | ||
| 간혹 내가 직접 만든 별볼일 없는 Perl/bash/R script도 소개하였다. 우분투에서는 기본 shell이 bash가 아닌 dash이므로 호환성 문제가 생길 수 있다. shebang line을 '# | 간혹 내가 직접 만든 별볼일 없는 Perl/bash/R script도 소개하였다. 우분투에서는 기본 shell이 bash가 아닌 dash이므로 호환성 문제가 생길 수 있다. shebang line을 '# | ||
| + | |||
| + | 실습용 데이터 파일은 아무리 간단한 텍스트 파일이라 해도 zip으로 압축하여 올려 놓았다. 왜냐하면 DokuWiki에서는 보안 때문에 업로드할 수 있는 파일의 확장자에 제한을 걸어 두었기 때문이다. | ||
| 작업 개시일은 2023년 6월 20일이다. 늦어도 7월 내에 마무리하는 것을 목표로 한다. 어휴... 언제 다 한담. | 작업 개시일은 2023년 6월 20일이다. 늦어도 7월 내에 마무리하는 것을 목표로 한다. 어휴... 언제 다 한담. | ||
| Line 17: | Line 19: | ||
| 그러나 여기에서 설명한 예제 중 사무용 PC에 설치한 Windows Subsystem for Linux(WSL) 또는 Oracle VirtualBox 내의 우분투에서도 잘 돌아가는 것도 얼마든지 있다. | 그러나 여기에서 설명한 예제 중 사무용 PC에 설치한 Windows Subsystem for Linux(WSL) 또는 Oracle VirtualBox 내의 우분투에서도 잘 돌아가는 것도 얼마든지 있다. | ||
| + | |||
| ===== 목차 ===== | ===== 목차 ===== | ||
| + | 아래에 제시한 목록 중 일부는 너무 오래 전에 작성한 것이라서 현실에 맞지 않거나, 또는 공부가 부족한 관계로 앞으로도 영원히 채워지지 않을 수도 있다. | ||
| + | - [[실습용 자료]] | ||
| - [[Docker 사용하기]] | - [[Docker 사용하기]] | ||
| - [[Anaconda 사용하기]] <color # | - [[Anaconda 사용하기]] <color # | ||
| Line 32: | Line 37: | ||
| - [[세균 유전체의 SNP 발굴용 프로그램 성능 비교(논문)]] | - [[세균 유전체의 SNP 발굴용 프로그램 성능 비교(논문)]] | ||
| - [[Whole-genome alignment]] <color # | - [[Whole-genome alignment]] <color # | ||
| - | - [[유전체 주석화(genome annotation)]] | + | - [[유전체 주석화(genome annotation)]] |
| - | - [[유전체 염기서열로부터 보툴리눔 톡신의 서브타입 알아내기]] | + | - [[유전체 염기서열로부터 보툴리눔 톡신의 서브타입 알아내기]] |
| - | - [[batch download of NCBI genomes|NCBI에서 특정 분류군에 속하는 미생물 유전체를 일괄적으로 다운로드하기]] | + | - [[batch download of NCBI genomes|NCBI에서 특정 분류군에 속하는 미생물 유전체를 일괄적으로 다운로드하기]] |
| - | - [[E-Direct로 명령행에서 Entrez DB 접근하기]] | + | - [[E-Direct로 명령행에서 Entrez DB 접근하기]] |
| - [[서열 데이터베이스의 검색(BLAST)]] <color # | - [[서열 데이터베이스의 검색(BLAST)]] <color # | ||
| - [[Average nucleotide identity(ANI)의 계산]] <color # | - [[Average nucleotide identity(ANI)의 계산]] <color # | ||
| - | - [[Pan-genome analysis]] | + | |
| + | | ||
| - [[상동유전자의 동정(inter-species)]] | - [[상동유전자의 동정(inter-species)]] | ||
| - [[Prophage 서열 찾기]] <color # | - [[Prophage 서열 찾기]] <color # | ||
| - | - [[계통수 작성하기]] | + | - [[계통수 작성하기]] |
| - | - [[BLAST Score Ratio(BSR)을 이용한 마커 유전자의 탐색]] | + | - [[BLAST Score Ratio(BSR)을 이용한 마커 유전자의 탐색]] |
| - | - [[PhyloSift를 이용한 genome 또는 metagenome의 분석]] | + | - [[PhyloSift를 이용한 genome 또는 metagenome의 분석]] |
| - [[Primer design]] | - [[Primer design]] | ||
| - [[iTOL에서 annotated tree 만들기]] | - [[iTOL에서 annotated tree 만들기]] | ||
| - [[16S rRNA amplicon sequencing을 이용한 메타게놈 분석]] | - [[16S rRNA amplicon sequencing을 이용한 메타게놈 분석]] | ||
| - [[Long read sequencing 결과물 다루기]] | - [[Long read sequencing 결과물 다루기]] | ||
| + | - [[Long read assembly 2024]] | ||
| - [[Long read 기반 유전체 조립 결과물의 후처리]] | - [[Long read 기반 유전체 조립 결과물의 후처리]] | ||
| - [[TORMES pipeline을 이용한 bacterial WGS analysis]] <color # | - [[TORMES pipeline을 이용한 bacterial WGS analysis]] <color # | ||
| + | - [[Bactopia: 박테리아 유전체 분석을 위한 파이프라인]] | ||
| - [[Megan pipeline을 이용한 metagenome analysis]] | - [[Megan pipeline을 이용한 metagenome analysis]] | ||
| - [[MetaWRAP을 이용한 shotgun metagenomic analysis]] | - [[MetaWRAP을 이용한 shotgun metagenomic analysis]] | ||
bioinfo/prokaryotic_genome_analysis_manual_2023.1687935558.txt.gz · Last modified: by hyjeong