Differences

This shows you the differences between two versions of the page.

--- bioinfo:consed_28_in_2024 [2024/03/13 09:10] – hyjeong
+++ bioinfo:consed_28_in_2024 [2024/03/13 09:26] (current) – hyjeong
@@ Line 8: / Line 8: @@
   $ ./consed_rhel4linux64bit -v
   ./consed_rhel4linux64bit: error while loading shared libraries: libstdc++.so.5: cannot open shared object file:
-No such file or directory
+  No such file or directory
   $ ./consed_rhel4linux64bit_static -v
   Version 28.0 (141216)
@@ Line 14: / Line 14: @@
   ./consed_rhel6linux64bit: error while loading shared libraries: libpng12.so.0: cannot open shared object file: No such file or directory
-  $ ./installConsed.perl consed_linux32bit /usr/local/genome
+기왕이면 최신 버전의 consed가 작동하도록 환경을 조성하는 것이 좋을 것이다. libpng12-0을 다음과 같이 하여 설치하면 consed_rhel6linux64bit를 실행하는데 문제가 없을 것이다.
+  ./
+  $ sudo add-apt-repository ppa:linuxuprising/libpng12
+  $ sudo apt update
+  $ sudo apt install libpng12-0
+  $ ./consed_rhel6linux64bit -v
+  Version 28.0 (141216)
+installConsed.perl 스크립트를 이용하여 consed를 설치한다. 컴파일 과정에서 경고 메시지가 조금 나오지만 문제는 없다.
+  $ ./installConsed.perl consed_rhel6linux64bit /usr/local/genome
   ...
   Success!  (I think.)
@@ Line 24: / Line 34: @@
   in the section INSTALLING CONSED
+phred, phrap 및 이들 패키지에 따로 포함된 실행파일(실제로는 make해야 함)은 /usr/local/genome/bin/에 복사해 둔다. 이어서 다음과 같이 실행하면 아주 친숙한 consed의 실행 화면을 만나게 될 것이다.
+  $ PATH=/usr/local/genome/bin:$PATH
+  $ cd /usr/local/genome/examples/standard/edit_dir
+  $ consed
+{{ :bioinfo:consed_28_screenshot.png?400 |}}