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--- bioinfo:consed_28_in_2024 [2024/03/13 08:57] – created hyjeong
+++ bioinfo:consed_28_in_2024 [2024/03/13 09:26] (current) – hyjeong
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 ====== 2024년에 다시 만나는 Consed 28  ======
+consed_linux.tar.gz에 포함된 5개의 바이너리 중 Ubuntu 22.04 LTS에서 작동하는 것은 일부이다.
+  $ ./consed_linux32bit -v
+  Version 28.0 (141216)
+  $ ./consed_linux32bit_dyn -v
+  ./consed_linux32bit_dyn: error while loading shared libraries: libXt.so.6: cannot open shared object file: No such file or directory
+  $ ./consed_rhel4linux64bit -v
+  ./consed_rhel4linux64bit: error while loading shared libraries: libstdc++.so.5: cannot open shared object file:
+  No such file or directory
+  $ ./consed_rhel4linux64bit_static -v
+  Version 28.0 (141216)
+  ./consed_rhel6linux64bit -v
+  ./consed_rhel6linux64bit: error while loading shared libraries: libpng12.so.0: cannot open shared object file: No such file or directory
-  ./installConsed.perl consed_rhel4linux64bit_static /usr/local/genome
+기왕이면 최신 버전의 consed가 작동하도록 환경을 조성하는 것이 좋을 것이다. libpng12-0을 다음과 같이 하여 설치하면 consed_rhel6linux64bit를 실행하는데 문제가 없을 것이다.
+  ./
+  $ sudo add-apt-repository ppa:linuxuprising/libpng12
+  $ sudo apt update
+  $ sudo apt install libpng12-0
+  $ ./consed_rhel6linux64bit -v
+  Version 28.0 (141216)
+installConsed.perl 스크립트를 이용하여 consed를 설치한다. 컴파일 과정에서 경고 메시지가 조금 나오지만 문제는 없다.
+  $ ./installConsed.perl consed_rhel6linux64bit /usr/local/genome
+  ...
+  Success!  (I think.)
+  You probably would want to put into your PATH the following:
+  /usr/local/genome/bin
+  so you can just type "consed" to bring up consed
+  Now refer to README.txt and
+  follow the rest of the installation instructions
+  in the section INSTALLING CONSED
+phred, phrap 및 이들 패키지에 따로 포함된 실행파일(실제로는 make해야 함)은 /usr/local/genome/bin/에 복사해 둔다. 이어서 다음과 같이 실행하면 아주 친숙한 consed의 실행 화면을 만나게 될 것이다.
+  $ PATH=/usr/local/genome/bin:$PATH
+  $ cd /usr/local/genome/examples/standard/edit_dir
+  $ consed
+{{ :bioinfo:consed_28_screenshot.png?400 |}}