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--- bioinfo:anvio [2018/07/11 11:15] – [Pangenomics] hyjeong
+++ bioinfo:anvio [2021/03/17 13:09] (current) – external edit 127.0.0.1
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   * Anvi'o project page http://merenlab.org/software/anvio/ "Anvi'o in a nutshell"
   * v5.1 "margaret" 소개 https://github.com/merenlab/anvio/releases
-  * 현재 bioconda로 설치되는 최신 버전은 v4.0이다.  --- //[[hyjeong@kribb.re.kr|Haeyoung Jeong]] 2018/07/06 11:52//
+  * 현재 bioconda로 설치되는 최신 버전은 v4.0이다. 이를 확인하려면 'anvi-profile --version'을 입력한다. --- //[[hyjeong@kribb.re.kr|Haeyoung Jeong]] 2018/07/06 11:52//
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 ===== Anvi'o로 할 수 있는 일 =====
+==== 개요 ====
 [[http://merenlab.org/software/anvio/|Anvi'o project page]]에서 상단의 tutorials를 클릭하면 10 가지가 넘는 각 응용 분야 별의 튜토리얼이 준비되어 있다. 본격적인 실행에 들어가기에 앞서서 먼저 중요한 개념을 몇 가지 정의하고 넘어가자. 직접 de novo assembly를 하여 생성했거나 NCBI에서 다운로드한 genome이 있다면 이를 **external genome**이라 부른다. 이에 대비되는 **internal genome**은 anvi;o의 metagenomic analysis 결과로 얻어진 genome bin을 뜻한다. contig 파일은 반드시 .fa로 끝나야 하며, 점(.)은 파일명 안에 단 한번만 나와야 한다. 각 organism마다 **contigs database**로 전환된 contig는 **genomes storage**로 전환되어야 비로소 한 덩어리로 취급된다.
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       anvi-script-FASTA-to-contigs-db $i
   done
+  (# 필요하다면 anvi-run-ncbi-cogs을 이 단계에서 한다)
   $ anvi-gen-genomes-storage -e external-genomes.txt \
                              -o ALL_GENOMES.h5 (or ALL_GENOMES.db)
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 === External gene call 정보를 이용하기 ====
-==== Layer란? ====
+윗부분 'Anvi'o로 할 수 있는 일'의 개요 항목에 설명하였다.
+=== Layer란? ===
+[[http://merenlab.org/2017/12/11/additional-data-tables/|Working with anvi'o additional data tables]]
+Anvi'o의 interactive display에서는 서열 데이터로부터 anvi'o 작업을 통해 분석된 데이터 외에도 tab-delimited file로 제공되는 외부 데이터도 표시할 수 있다.
 === Gene cluster 탐색하기 ===