anaconda_installation
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| anaconda_installation [2019/04/08 13:29] – [Environment란 무엇인가] hyjeong | anaconda_installation [2021/03/17 13:09] (current) – external edit 127.0.0.1 | ||
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| Line 40: | Line 40: | ||
| root * / | root * / | ||
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| - | # conda list | + | # conda list # 현재 활성화된 환경에 설치된 패키지 목록 출력 |
| # conda list -n py35 | # conda list -n py35 | ||
| ==== python 2.7 환경 만들기 ==== | ==== python 2.7 환경 만들기 ==== | ||
| Line 58: | Line 58: | ||
| 이상의 사례는 python 2.7 환경만을 만든 것이다. 그러나 특정 python 버전과 다른 복수의 패키지를 묶어서 새로운 환경을 만드는 것이 가능하다. 만들어진 환경을 없애려면 다음과 같이 한다. | 이상의 사례는 python 2.7 환경만을 만든 것이다. 그러나 특정 python 버전과 다른 복수의 패키지를 묶어서 새로운 환경을 만드는 것이 가능하다. 만들어진 환경을 없애려면 다음과 같이 한다. | ||
| # conda-env remove -n myenv | # conda-env remove -n myenv | ||
| + | # conda remove --name myenv all | ||
| 특정 환경으로 진입하려면 source activate myenv라 실행한다. conda 4.6부터는 conda activate myenv 및 conda deactivate로 바뀌었다. | 특정 환경으로 진입하려면 source activate myenv라 실행한다. conda 4.6부터는 conda activate myenv 및 conda deactivate로 바뀌었다. | ||
| Line 85: | Line 86: | ||
| 패키지를 지우려면 uninstall command를 쓴다. Environment를 지우는 것과는 다르다. | 패키지를 지우려면 uninstall command를 쓴다. Environment를 지우는 것과는 다르다. | ||
| # conda uninstall bwa | # conda uninstall bwa | ||
| + | | ||
| + | ===== Perl 및 BioPerl 설치 ===== | ||
| + | cpanm을 먼저 설치한 뒤에 BioPerl 등 필요한 모듈을 추가적으로 설치하는 것이 좋다. | ||
| + | $ conda install -c anaconda perl | ||
| + | $ conda install -c bioconda perl-app-cpanminus | ||
| + | $ cpanm Bio::Perl | ||
| + | $ perl -e 'print join " | ||
| + | / | ||
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| + | / | ||
| + | / | ||
| + | |||
| ===== 시스템 운용 지침 ===== | ===== 시스템 운용 지침 ===== | ||
| ==== 일반 사용자로서 ==== | ==== 일반 사용자로서 ==== | ||
| Line 101: | Line 114: | ||
| # conda create -n myenv --file package-list.txt | # conda create -n myenv --file package-list.txt | ||
| + | ==== LS-BSR 설치 사례 ==== | ||
| + | [[https:// | ||
| + | 웹 프록시의 차단으로 인하여 docker나 git 연결이 원활하지 않은 상태이다. 따라서 conda로 필요한 프로그램을 개별적으로 설치한 뒤 LS-BSR은 GitHub site에서 zip 파일을 다운로드하여 파이썬 인스톨 스크립트를 실행하였다. 따라서 conda list 명령으로는 LS-BSR의 설치 여부를 알기가 어렵다. | ||
anaconda_installation.1554697784.txt.gz · Last modified: 2021/03/17 13:09 (external edit)