CLC Genomics Workbench를 이용한 전사체 분석

• User manual(온라인 매뉴얼 및 PDF 매뉴얼)
• 튜토리얼 보관소: Expression analysis 섹션 참고
  1. Microarray-basd expression analysis(샘플 데이터): RNA-seq에도 적용 가능하다.
  2. Expression analysis using RNA-Seq data Advanced RNA-Seq 무료 플러그인을 설치해야 한다.
• 박테리아를 위한 transcriptome analysis(내부문서)는 여기를 참조할 것

2017년 10월판(v10.1.1)을 기준으로 유전자 발현 분석 기능은 Toolbox의 RNA-Seq Analysis(Advanced RNA-Seq 무료 플러그인 설치 필요)와 Microarray and Small RNA Analysis에 위치한다. 과거에는 Toolbox의 Transcriptomics Analysis라는 폴더 내에 RNA-Seq Analysis 기능이 있었다.

CLC에서는 raw RNA-seq file로부터 매핑, QC, 발현 분석과 plotting을 하는 것 외에도 csv 파일로 이루어진 expression data를 임포트하여 분석하는 것도 가능하다. 요즘 권장되는 것은 메타데이터 파일을 만들어서 여기에 종속된 데이터 파일(및 중간 결과물 파일)을 간적 간접적으로 다루는 것이다.

메타데이터 파일은 외부에서 엑셀로 만든 것을 임포트해도 되고, 정보량이 많지 않다면 File → New → Metadata Table에서 직접 작성해도 무방하다. 여기에서는 후자, 즉 Metadata Table Editor에서 직접 표를 만드는 것을 전제로 설명한다. CLC의 샘플 데이터 파일에서 추출한 메타데이터 파일은 여기를 참조하라. 메타데이터 테이블은 Microbial Genomics Module의 기능을 활용하는 데에도 중요하게 쓰이므로 작성 및 편집 방법을 숙지해 두면 큰 도움이 될 것이다.

1. 'Set Uo Table…' 버튼을 클릭한다. 컬럼을 하나씩 추가하면서 이름과 설명을 붙인다. 즉 테이블의 기본 구조를 짜는 것이다. 어느 하나는 Key column으로 지정한다. 기존의 파일을 읽어들여서 구조를 짜는 것도 가능하다(Set Up Structure from File…).
2. 'Manage Data..' 버튼을 클릭한다. 여기에서는 데이터를 row 형태로 추가하는 것이다.
3. 만들어진 테이블을 저장한다.
4. 테이블의 모든 row를 선택한다.
5. 'Associate Data…'를 클릭한 뒤 'Associate Data Automatically'를 클릭한다.
6. Data element를 선택한다.
7. Matching scheme을 Exact와 Partial 중 선택한다. Partial을 선택해도 대소문자는 구별되니 유의하라.
8. 마지막으로 'Find Associate Data'를 클릭한다.