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--- whole-genome_alignment [2018/07/03 17:15] – [[2] Nucmer 사용] hyjeong
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 ==== [2] Nucmer 사용 ====
-MUMmer를 가장 편하게 사용하는 것은 alignment generator인
+MUMmer를 가장 편하게 사용하는 것은 alignment generator인 nucmer Perl script를 쓰는 것이다. 일정 기준에 맞게 인접한 maximal exact match는 하나로 병합할 수 있는데, 이는 -g(maxgap; default 90)과 -l(min length; default 20)으로 조정 가능하다. show-coords는 alignment block의 위치를 표시한다. -c는 결과에 percent coverage 포함, -l은 결과에 서열 길이 포함, -r은 reference coordinate에 맞춤을 의미한다.
   $ nucmer -p nucmer_test E681.fa M1.fa
   $ mummerplot nucmer_test.delta