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--- to_be_renamed [2019/06/27 11:24] – [LS-BSR] hyjeong
+++ to_be_renamed [2022/06/18 13:12] (current) – [Roary] hyjeong
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 또한 RAST server에서 export한 GFF3 파일도 Roary에서 그대로 쓰일 수가 없다. 왜냐하면 염기서열이 뒷부분에 있지 않기 때문이다. 뿐만 아니라 gene 없이 cds feature만 있다는 것도 문제가 된다. 몇 가지를 테스트해 본 경험으로 가장 바람직한 것은, RAST에서 export한 GFF3 file에서 CDS feature만 골라낸 것 + '##FASTA' 라인 + contig sequence 파일(유전자 염기서열 파일이 아님!)을 합쳐서 새로 만든 GFF3 파일을 사용하는 것이 좋다. 'Name='도 'Product='로 바꾸는 것을 강력 권장한다. 왜냐하면 이것이 gene id로 쓰이게 되면 중간에 공백이 들어 있어서 나중에 매우 불편해지기 때문이다.
+Roary를 실행하면 십중팔구는 다음과 같은 메시지와 함께 GFF 파일을 수정하여 fixed_input_files 디렉토리에 복사하게 된다. 나중에 query_pan_genome 스크립트로 GFF 파일을 대상으로 하는 작업을 할 때에는 수정된 것을 써야 한다.
+/06/30 15:53:28 Input file contains duplicate gene IDs, attempting to fix by adding a unique suffix, new GFF in the fixed_input_files directory:
 === Output files ===
 {{:output.png?600|test}}
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 === Command line tool의 사용법 ===
-테스트를 해 보았는데 그 동작이 완벽한 것 같지는 않다.
+원본 GFF 파일이 아니라 roary가 수정한 것(fixed_input_files/ 디렉토리에 있는 것)을 사용해야 한다. 인수로 주어질 수 있는 것은 *gff 또는 단일 GFF 파일이다.
   $ query_pan_genome -h # for help
   $ query_pan_genome -a union *.gff # 결과물: pan_genome_results
-  $ query_pan_genome -a intersection *.gff # 결과물: pan_genome_results (텅 비었음. why?)
+  $ query_pan_genome -a intersection *.gff # 결과물: pan_genome_results
   # difference
   # complement