setup_a_testing_server
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setup_a_testing_server [2019/11/16 09:16] – [base environment (python 3.7.3)] hyjeong | setup_a_testing_server [2021/03/17 13:09] (current) – external edit 127.0.0.1 | ||
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bioconda package 설치는 다음의 순서대로 하였다. 각 패키지의 의존성이 완벽하게 조화롭지는 못하여(특히 jellyfish를 설치할 때) error 수준은 아니더라도 주의를 기울일만한 메시지가 출력됨을 피하기 어렵다. | bioconda package 설치는 다음의 순서대로 하였다. 각 패키지의 의존성이 완벽하게 조화롭지는 못하여(특히 jellyfish를 설치할 때) error 수준은 아니더라도 주의를 기울일만한 메시지가 출력됨을 피하기 어렵다. | ||
* khmer-3.0.0a3 (conda도 conda-4.7.12로 업데이트) | * khmer-3.0.0a3 (conda도 conda-4.7.12로 업데이트) | ||
- | * jellyfish-2.2.10 (anaconda가 custom-py37_1로 다운그레이드됨) | + | * jellyfish-2.2.10 (anaconda가 custom-py37_1로 다운그레이드됨; 아나콘다 설치 직후 conda upgrade --all을 두 차례 실행하여 모든 패키지를 업그레이드하면 |
* fastqc-0.11.8 (openjdk-11.0.1 perl-5.26.2 설치) | * fastqc-0.11.8 (openjdk-11.0.1 perl-5.26.2 설치) | ||
* trimmomatic-0.39 | * trimmomatic-0.39 |
setup_a_testing_server.1573863382.txt.gz · Last modified: 2021/03/17 13:09 (external edit)