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--- setup_a_testing_server [2019/11/16 09:16] – [base environment (python 3.7.3)] hyjeong
+++ setup_a_testing_server [2021/03/17 13:09] (current) – external edit 127.0.0.1
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   * [[https://ncbi.github.io/sra-tools/install_config.html|sratoolkit.2.9.6-1-centos_linux64]]
   * [[http://cube.univie.ac.at/gepard|Gepard]]
-  * [[https://www.wsi.uni-tuebingen.de/lehrstuehle/algorithms-in-bioinformatics/software/dendroscope/|dendroscope]] openjdk-11(conda base에서 fastqc 설치될 때 같이 깔림)가 마련된 이후에 설치할 것.
+  * [[https://www.wsi.uni-tuebingen.de/lehrstuehle/algorithms-in-bioinformatics/software/dendroscope/|dendroscope]] [[https://software-ab.informatik.uni-tuebingen.de/download/dendroscope3/welcome.html|다운로드 페이지]] openjdk-11(conda base에서 fastqc 설치될 때 같이 깔림)가 마련된 이후에 설치할 것.
   * [[https://github.com/marbl/canu|canu ]] 처음에는 bioconda package를 설치했었으나 circlator 실행에서 버전을 확인할 수 없다는 에러가 발생하여 소스로부터 컴파일하였다. Canu snapshot v1.8 +519 changes
   * [[https://github.com/tseemann/snippy|snippy]] bioconda를 통해 설치한 것은 snpEff 실행 과정에서 에러가 발생한다. 이것을 쓰기 바람. version 4.4.5
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 bioconda package 설치는 다음의 순서대로 하였다. 각 패키지의 의존성이 완벽하게 조화롭지는 못하여(특히 jellyfish를 설치할 때) error 수준은 아니더라도 주의를 기울일만한 메시지가 출력됨을 피하기 어렵다.
   * khmer-3.0.0a3 (conda도 conda-4.7.12로 업데이트)
-  * jellyfish-2.2.10 (anaconda가 custom-py37_1로 다운그레이드됨)
+  * jellyfish-2.2.10 (anaconda가 custom-py37_1로 다운그레이드됨; 아나콘다 설치 직후 conda upgrade --all을 두 차례 실행하여 모든 패키지를 업그레이드하면 됨)
   * fastqc-0.11.8 (openjdk-11.0.1 perl-5.26.2 설치)
   * trimmomatic-0.39